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万見
- EMDB-6580: Structure of the full-length TRPV2 channel by cryoEM -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6580
タイトルStructure of the full-length TRPV2 channel by cryoEM
マップデータRecombinant rat full-length TRPV2
試料
  • 試料: Recombinant rat full-length TRPV2
  • タンパク質・ペプチド: Transient Receptor Potential Cation Channel, Subfamily V, Member 2
キーワードTRPV2 / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


transport / growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / axonal growth cone / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / endomembrane system ...transport / growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / axonal growth cone / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / endomembrane system / calcium channel activity / melanosome / lamellipodium / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / axon / negative regulation of cell population proliferation / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Huynh KW / Cohen MR / Jiang J / Samanta A / Lodowski DT / Zhou ZH / Moiseenkova-Bell VY
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure of the full-length TRPV2 channel by cryo-EM.
著者: Kevin W Huynh / Matthew R Cohen / Jiansen Jiang / Amrita Samanta / David T Lodowski / Z Hong Zhou / Vera Y Moiseenkova-Bell /
要旨: Transient receptor potential (TRP) proteins form a superfamily Ca(2+)-permeable cation channels regulated by a range of chemical and physical stimuli. Structural analysis of a 'minimal' TRP vanilloid ...Transient receptor potential (TRP) proteins form a superfamily Ca(2+)-permeable cation channels regulated by a range of chemical and physical stimuli. Structural analysis of a 'minimal' TRP vanilloid subtype 1 (TRPV1) elucidated a mechanism of channel activation by agonists through changes in its outer pore region. Though homologous to TRPV1, other TRPV channels (TRPV2-6) are insensitive to TRPV1 activators including heat and vanilloids. To further understand the structural basis of TRPV channel function, we determined the structure of full-length TRPV2 at ∼5 Å resolution by cryo-electron microscopy. Like TRPV1, TRPV2 contains two constrictions, one each in the pore-forming upper and lower gates. The agonist-free full-length TRPV2 has wider upper and lower gates compared with closed and agonist-activated TRPV1. We propose these newly revealed TRPV2 structural features contribute to diversity of TRPV channels.
履歴
登録2016年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月20日-
マップ公開2016年3月30日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5hi9
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6580.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Recombinant rat full-length TRPV2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.29 Å/pix.
x 192 pix.
= 247.68 Å		1.29 Å/pix.
x 192 pix.
= 247.68 Å		1.29 Å/pix.
x 192 pix.
= 247.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.29 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.03591954 - 0.08240247
平均 (標準偏差)0.00004551 (±0.00447216)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 247.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.291.291.29
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z247.680247.680247.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-8211244
NX/NY/NZ115138149
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0360.0820.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant rat full-length TRPV2

全体名称: Recombinant rat full-length TRPV2
要素
  • 試料: Recombinant rat full-length TRPV2
  • タンパク質・ペプチド: Transient Receptor Potential Cation Channel, Subfamily V, Member 2

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超分子 #1000: Recombinant rat full-length TRPV2

超分子名称: Recombinant rat full-length TRPV2 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: tetramer / Number unique components: 1
分子量実験値: 600 KDa / 理論値: 340 KDa / 手法: gel filtration

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分子 #1: Transient Receptor Potential Cation Channel, Subfamily V, Member 2

分子名称: Transient Receptor Potential Cation Channel, Subfamily V, Member 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TRPV2 / コピー数: 4 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: rat / 細胞中の位置: intracellular and plasma membrane
分子量実験値: 600 KDa / 理論値: 340 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: BJ5457 / 組換プラスミド: YepM
配列UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
GO: transport
InterPro: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 0.064 mM DMNG, 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 1.0 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R2/1 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: 2 blots

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification.
日付2014年1月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 988
詳細: Every image is the average of 14 frames recorded by the direct electron detector.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Relion 1.3, Relion 1.4
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 42550
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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