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- PDB-3d67: Crystal structure of Thrombin-Activatable Fibrinolysis Inhibitor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d67
タイトルCrystal structure of Thrombin-Activatable Fibrinolysis Inhibitor (TAFI) in complex with 2-guanidino-ethyl-mercaptosuccinic acid (GEMSA)
要素Carboxypeptidase B2
キーワードHYDROLASE / protein-inhibitor complex / alpha/beta hydrolase fold / Carboxypeptidase / Glycoprotein / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Secreted / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase U / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of fibrinolysis / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / fibrinolysis / Regulation of Complement cascade / liver regeneration ...carboxypeptidase U / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of fibrinolysis / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / fibrinolysis / Regulation of Complement cascade / liver regeneration / cellular response to glucose stimulus / protein catabolic process / blood coagulation / response to xenobiotic stimulus / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase B2 / Metallocarboxypeptidase-like / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Peptidase family M14 domain profile. / Zn_pept / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases ...Carboxypeptidase B2 / Metallocarboxypeptidase-like / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Peptidase family M14 domain profile. / Zn_pept / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2-GUANIDINOETHYLMERCAPTO)SUCCINIC ACID / Carboxypeptidase B2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Brondijk, T.H.C. / Huizinga, E.G.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of TAFI elucidate the inactivation mechanism of activated TAFI: a novel mechanism for enzyme autoregulation
著者: Marx, P.F. / Brondijk, T.H. / Plug, T. / Romijn, R.A. / Hemrika, W. / Meijers, J.C.M. / Huizinga, E.G.
履歴
登録2008年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年6月20日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase B2
B: Carboxypeptidase B2
C: Carboxypeptidase B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,34120
ポリマ－146,0063
非ポリマー3,33517
水00
1
A: Carboxypeptidase B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8547
ポリマ－48,6691
非ポリマー1,1866
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carboxypeptidase B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8547
ポリマ－48,6691
非ポリマー1,1866
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Carboxypeptidase B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6336
ポリマ－48,6691
非ポリマー9645
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.050, 161.050, 138.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GEM / End label comp-ID: GEM / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 660 / Label seq-ID: 24

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - I
2BB - O
3CC - T

-
要素

#1: タンパク質 Carboxypeptidase B2 / Carboxypeptidase U / CPU / Thrombin-activable fibrinolysis inhibitor / TAFI / Plasma carboxypeptidase B / pCPB


分子量: 48668.684 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 24-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPB2 / プラスミド: pABC345 / Cell (発現宿主): Embryonic Kidney cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293ES / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96IY4, carboxypeptidase U
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GEM / (2-GUANIDINOETHYLMERCAPTO)SUCCINIC ACID / 2-GUANIDINOETHYLTHIO)SUCCINIC ACID / GUANIDINOETHYL MERCAPTOSUCCINIC ACID / GEMSA


分子量: 235.261 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O4S
配列の詳細THE SEQUENCE IS A NATURALLY OCCURING VARIANT BASED ON DBSNP:RS3742264 (NCBI).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 16-18% PEG 3000, 0.18-0.22mM Na/K-tartrate, 50mM L-glutamate, 50mM L-arginine, 1mM GEMSA, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9732 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9732 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→49.27 Å / Num. all: 28920 / Num. obs: 28900 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0008精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3D66

3d66


解像度: 3.4→44.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 62.176 / SU ML: 0.444 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.526 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25218 1472 5.1 %RANDOM
Rwork0.19772 ---
obs0.20043 27424 99.57 %-
all-27424 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 100.733 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.12 Å22.06 Å20 Å2
2--4.12 Å20 Å2
3----6.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→44.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9738 0 202 0 9940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02210230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4851.94713896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9453.00216525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.74251200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.75323.522477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.197151650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.81557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.22637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.27274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2010.24960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.25409
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0170.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3530.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2070.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0920.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4711.56150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0591.52421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83629729
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.87234749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4074.54167
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5578 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.440.5
2Bmedium positional0.440.5
3Cmedium positional0.40.5
1Amedium thermal4.5
2Bmedium thermal5.19
3Cmedium thermal4.15
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 113 -
Rwork0.313 2007 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.4222-0.82182.82367.39981.53111.2280.1112-0.24190.0184-0.049-0.0355-0.5808-1.20050.3553-0.07570.33750.0078-0.192-0.73990.0903-0.382344.535755.567149.7691
22.8595-0.19942.1286.26562.55259.94610.019-0.05760.0183-0.0258-0.3161-0.31570.0568-0.80770.2971-0.33550.1153-0.1191-0.55040.1163-0.543333.352636.342337.3422
37.96492.7004-4.5124.9795-1.79038.0069-0.28060.1288-0.5099-0.39940.0961-0.6850.98090.74170.1846-0.02110.57250.1168-0.12310.1824-0.003468.292-15.620312.7295
43.0654-0.5112-2.316.8719-1.01618.9013-0.0658-0.04480.19250.5451-0.1167-0.40250.1687-0.16960.1824-0.29910.09770.0448-0.60090.2282-0.532548.2092-5.373224.71
57.00210.7941-0.61736.41-1.26026.7646-0.25730.31290.6318-0.38280.0285-0.7952-0.13780.97210.2288-0.15750.11540.12870.4430.47150.135363.842936.3162-15.9805
64.4898-0.9741-1.9123.8098-2.45677.732-0.27690.36050.37350.0065-0.1476-0.46140.00040.0330.4245-0.58150.29130.0501-0.36950.3423-0.368442.230428.8163-5.2559
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 9224 - 115
2X-RAY DIFFRACTION1AD - G601 - 6041
3X-RAY DIFFRACTION2AA93 - 401116 - 424
4X-RAY DIFFRACTION2AO5011
5X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 9224 - 115
6X-RAY DIFFRACTION3BH - K601 - 6041
7X-RAY DIFFRACTION4BB93 - 401116 - 424
8X-RAY DIFFRACTION4BP5011
9X-RAY DIFFRACTION5CC1 - 9224 - 115
10X-RAY DIFFRACTION5CL - N601 - 6041
11X-RAY DIFFRACTION6CC93 - 401116 - 424
12X-RAY DIFFRACTION6CQ5011

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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