PDB-3d5i: Crystal structure of ribonuclease Sa2 with exo-2',3'-cyclophospho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d5i

タイトル

Crystal structure of ribonuclease Sa2 with exo-2',3'-cyclophosphorotioate

要素

Ribonuclease

キーワード

HYDROLASE / ribonuclease / mononucleotide / protein-mononucleotide complex / exo-2' / 3'-cyclophosphorotioate

機能・相同性

機能・相同性情報

: / RNA endonuclease activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces aureofaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bauerova-Hlinkova, V. / Sevcik, J.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Structure of RNase Sa2 complexes with mononucleotides - new aspects of catalytic reaction and substrate recognition
著者: Bauerova-Hlinkova, V. / Dvorsky, R. / Perecko, D. / Povazanec, F. / Sevcik, J.

履歴

登録	2008年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d5i.cif.gz	74.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d5i.ent.gz	56.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d5i_validation.pdf.gz	826.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d5i_full_validation.pdf.gz	830.8 KB	表示
XML形式データ	3d5i_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	3d5i_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/3d5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/3d5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d4aC 3d5gC 3dgyC 3dh2C 1py3S 1gmp 1pyl 1rsn 2sar S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1i7h-3 2wt8-4 2wt8-3 2bf3-2 1f56-1 2c3v-1 1f56-3 1k5k-d 3jxt-1 7bwh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribonuclease

B: Ribonuclease

C: Ribonuclease

ヘテロ分子

33.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.221, 66.775, 57.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-109- HOH
2	1	A-165- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease / ribonuclease Sa2 分子量: 10909.012 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pEH200 was derived from pKK223-3 由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア) 株: R8/26 / プラスミド: pEH200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NovaBlue / 参照: UniProt: Q53752, EC: 3.1.4.8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-SGP / GUANOSINE-2',3'-CYCLOPHOSPHOROTHIOATE 分子量: 361.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₅O₆PS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: ammonium sulfate, phosphate buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年11月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 19754 / Num. obs: 19754 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 38.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2.2→2.257 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 579 / % possible all: 65.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1py3

1py3

解像度: 2.2→19.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 11.228 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26237	913	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20756	-	-	-
all	0.2103	19754	-	-
obs	0.2103	16896	93.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.761 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.07 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	2.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2233	0	38	169	2440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2339
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.555	1.972	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.707	3.003	3874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.623	5	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.865	22.823	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.304	15	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.711	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.239	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.805	1.5	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.13	1.5	561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.953	2	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.607	3	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.434	4.5	945

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	45	-
R_work	0.229	1052	-
obs	-	579	78.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.452	1.3244	-0.2979	3.7635	-0.6399	2.5446	0.0426	0.0458	-0.069	0.0608	-0.0516	0.1552	-0.1537	0.3764	0.009	0.0385	-0.0374	0.0238	0.0705	-0.0084	-0.0187	65.9747	-1.7064	-26.5082
2	2.0196	-0.5467	-0.9865	1.6965	0.7606	3.0087	-0.0147	-0.4095	0.0311	0.2002	0.0456	0.0344	-0.0249	0.2003	-0.0309	0.0852	-0.0485	0.0054	0.0825	0.0055	0.0224	59.995	-1.59	-14.2669
3	32.7287	21.8428	-19.1742	35.1654	-3.2474	15.6626	-2.2208	1.788	-0.2925	1.1373	2.1349	-3.1757	0.6778	-0.4603	0.0858	0.005	0.025	-0.1293	0.3404	0.0367	0.1703	78.1359	-6.7073	-19.3622
4	1.6356	0.0033	-0.7362	1.1658	0.4633	2.2116	0.0264	-0.0789	0.2324	-0.0827	-0.0249	-0.0326	-0.4374	0.1712	-0.0016	0.0715	-0.0588	0.0137	0.0916	-0.0009	0.0251	63.4243	3.5787	-20.665
5	7.3459	-0.7858	2.9495	1.5923	-0.7275	4.0373	-0.0681	0.3211	-0.1336	-0.1454	0.0821	0.1632	0.4503	-0.1735	-0.014	0.0519	0.0363	0.0384	0.015	0.0219	0.0254	62.8832	-24.3248	13.6041
6	3.8333	-1.2614	2.4159	5.225	1.8907	6.9522	-0.0315	-0.5533	-0.3724	0.5763	0.0584	0.2843	0.3716	-0.1382	-0.0269	0.0186	0.0613	0.0364	0.0585	0.0677	0.0036	62.9215	-20.8651	25.9962
7	16.6346	18.6105	16.0716	26.0237	12.6776	20.9329	0.6778	-2.3389	-1.3948	1.2767	-1.8987	0.5839	0.9252	-2.5466	1.2209	-0.0315	-0.0429	0.1456	0.3661	-0.1497	0.2932	53.7863	-36.3517	21.0971
8	2.4618	-1.1188	0.7784	2.4261	0.9674	2.3501	0.0754	0.0895	-0.322	-0.0051	-0.0829	0.0841	0.2568	0.1339	0.0075	-0.0088	0.0413	0.0206	0.069	0.0158	0.0598	66.8576	-24.531	18.313
9	4.7781	-1.1922	0.4619	1.722	-0.2726	5.252	0.0362	0.1764	0.2206	0.0733	-0.0191	-0.291	-0.1613	0.5155	-0.0171	-0.0347	-0.0221	-0.0167	0.1077	0.0412	0.0169	69.263	-6.71	12.1602
10	7.4868	-1.1577	-5.614	10.5259	-4.6681	11.6099	0.3603	0.3976	0.5123	-0.6499	-0.2618	-0.0659	-0.4668	-0.1012	-0.0984	0.0335	0.0606	-0.0198	0.1257	0.0159	-0.0415	54.6652	-1.7443	11.6948
11	3.0362	-0.4518	-0.6553	1.3906	0.905	5.8256	0.1897	0.3179	0.0951	-0.0814	-0.2848	0.004	-0.4183	-0.4534	0.0951	-0.0143	0.0794	0.0096	0.1908	0.0154	-0.0248	60.4824	-8.0005	2.3799
12	11.8187	-4.8165	4.0057	3.993	-4.4566	13.8306	0.5464	0.5523	-0.1531	-0.0221	-0.3539	-0.1492	-0.2003	0.1951	-0.1926	-0.0386	0.0103	0.0082	0.1268	0.0262	-0.0286	69.6987	-7.7936	3.6893

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 34	4 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	35 - 61	35 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	62 - 68	62 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	69 - 97	69 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	1 - 30	1 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	31 - 60	31 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	61 - 68	61 - 68
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	69 - 97	69 - 97
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	5 - 26	5 - 26
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	27 - 34	27 - 34
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	35 - 81	35 - 81
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	82 - 97	82 - 97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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