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- PDB-3d55: Crystal structure of M. tuberculosis YefM antitoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d55
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis YefM antitoxin
要素Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
キーワードTOXIN INHIBITOR / Tetramer / Toxin neutraliser
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #330 / : / YefM-like domain / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / YefM-like fold / Arc Repressor Mutant / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Arc Repressor Mutant - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #330 / : / YefM-like domain / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / YefM-like fold / Arc Repressor Mutant / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitoxin RelJ / Antitoxin RelJ
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Kumar, P. / Issac, B. / Dodson, E.J. / Turkenberg, J.P. / Mande, S.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis YefM antitoxin reveals that it is not an intrinsically unstructured protein
著者: Kumar, P. / Issac, B. / Dodson, E.J. / Turkenburg, J.P. / Mande, S.C.
履歴
登録2008年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32025年4月30日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0226
ポリマ－40,8294
非ポリマー1922
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11050 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
2
A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子

B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0226
ポリマ－40,8294
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
Buried area7630 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area20810 Å2
手法PISA
3
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0226
ポリマ－40,8294
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area21570 Å2
手法PISA
4
B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465

D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0226
ポリマ－40,8294
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7330 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area21110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.848, 64.776, 83.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein Rv3357/MT3465 / Antitoxin


分子量: 10207.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv3357, MT3465, MTV004.14 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P65067, UniProt: P9WF25*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: 1.0M ammonium sulphate, 0.1M sodium phosphate-citrate, 1% Glycerol, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→51.3 Å / Num. all: 19797 / Num. obs: 18793 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.13→2.23 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1832 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0011精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CTO

3cto


解像度: 2.13→51.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.717 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; THIS IS A TWINNED DATA. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (k, -h, l) AND THE TWINNING FRACTION is 0.404.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21657 969 4.9 %RANDOM
Rwork0.17959 ---
obs0.18151 17054 96.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.252 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.44 Å2-11.81 Å2-0.21 Å2
2--2.93 Å20 Å2
3----9.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→51.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2549 0 10 56 2615
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0212575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4951.9573482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6275316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17823.158133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.05915450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7931533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2330.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6871.51600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.61622570
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2933975
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1594.5912
LS精密化 シェル解像度: 2.125→2.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 53 -
Rwork0.157 882 -
obs-1832 63.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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