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- PDB-3d3s: Crystal structure of L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d3s
タイトルCrystal structure of L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase from Bordetella parapertussis
要素L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta-alpha sandwich / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminobutyrate acetyltransferase / diaminobutyrate acetyltransferase activity / ectoine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase / : / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-DIAMINOBUTYRIC ACID / L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella parapertussis 12822 (パラ百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Kim, Y. / Volkart, L. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase from Bordetella parapertussis.
著者: Kim, Y. / Volkart, L. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
B: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
C: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
D: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,46322
ポリマ－84,7054
非ポリマー1,75718
水6,792377
1
A: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
B: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,30112
ポリマ－42,3532
非ポリマー94910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-13.3 kcal/mol
Surface area14900 Å2
手法PISA
2
C: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
D: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,16110
ポリマ－42,3532
非ポリマー8098
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-12.2 kcal/mol
Surface area14050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.160, 63.145, 77.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase / DABA acetyltransferase


分子量: 21176.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella parapertussis 12822 (パラ百日咳菌)
株: 12822 / NCTC 13253 / 遺伝子: ectA, BPP1888 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7W980, diaminobutyrate acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DAB / 2,4-DIAMINOBUTYRIC ACID / L-2,4-ジアミノ酪酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 118.134 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 1.26 M Ammonium sulfate, 0.1 M Cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K, pH 6.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月22日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→48.8 Å / Num. all: 55224 / Num. obs: 55224 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 29.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2729 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SHELXD位相決定
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.87→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.982 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 2802 5.1 %RANDOM
Rwork0.165 ---
all0.167 52345 --
obs0.167 52345 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.58 Å20 Å2-0.23 Å2
2--1.85 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4818 0 100 377 5295
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0215423
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7571.957388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5665669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.26820.903288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.07415838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2041581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.22457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.23570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2821.53341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.00725239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.05632283
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6184.52149
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 202 -
Rwork0.215 3711 -
obs-3913 94.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64850.62340.50181.28850.06981.39810.0963-0.0768-0.08620.0715-0.1202-0.10110.21730.02060.0239-0.0445-0.0010.0097-0.08880.0148-0.07747.8927-6.743355.8754
21.3758-0.16480.32461.38320.27422.53640.06920.15570.0676-0.1246-0.1007-0.0843-0.10820.18020.0315-0.0934-0.00420.0363-0.05920.0346-0.050512.202811.188939.9321
31.56410.0106-0.66791.14040.08451.77360.0173-0.12650.12460.051-0.0178-0.0491-0.0590.02040.0005-0.06480.013-0.0134-0.0293-0.0008-0.0723-11.126820.836864.9404
43.2236-0.25110.45660.774-0.3660.75210.029-0.0896-0.27570.0063-0.00080.08180.0756-0.1209-0.0283-0.0999-0.0159-0.0047-0.01580.0132-0.0708-27.19190.931864.7842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 15926 - 184
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 15926 - 184
3X-RAY DIFFRACTION3CC0 - 15925 - 184
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 16126 - 186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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