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- PDB-3d2y: Complex of the N-acetylmuramyl-L-alanine amidase AmiD from E.coli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d2y
タイトルComplex of the N-acetylmuramyl-L-alanine amidase AmiD from E.coli with the substrate anhydro-N-acetylmuramic acid-L-Ala-D-gamma-Glu-L-Lys
要素
  • Anhydro-N-acetylmuramic acid-L-Ala-D-gamma-Glu-L-Lys
  • N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase amiD
キーワードHYDROLASE / ZINC AMIDASE / PGRP / Peptidoglycan Recognizing Protein / AmpD / N-ACETYLMURAMYL-L-ALANINE AMIDASE / Cell wall biogenesis/degradation / Lipoprotein / Membrane / Metal-binding / Outer membrane / Palmitate
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyl-anhydromuramoyl-L-alanine amidase activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan turnover / outer membrane / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / cell outer membrane / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / : / PGBD superfamily / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily ...Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / : / PGBD superfamily / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / PGBD-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kerff, F. / Petrella, S. / Herman, R. / Sauvage, E. / Mercier, F. / Luxen, A. / Frere, J.M. / Joris, B. / Charlier, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Specific Structural Features of the N-Acetylmuramoyl-l-Alanine Amidase AmiD from Escherichia coli and Mechanistic Implications for Enzymes of This Family.
著者: Kerff, F. / Petrella, S. / Mercier, F. / Sauvage, E. / Herman, R. / Pennartz, A. / Zervosen, A. / Luxen, A. / Frere, J.M. / Joris, B. / Charlier, P.
履歴
登録2008年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase amiD
B: Anhydro-N-acetylmuramic acid-L-Ala-D-gamma-Glu-L-Lys
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1654
ポリマ－29,9812
非ポリマー1842
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase amiD
B: Anhydro-N-acetylmuramic acid-L-Ala-D-gamma-Glu-L-Lys
ヘテロ分子

A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase amiD
B: Anhydro-N-acetylmuramic acid-L-Ala-D-gamma-Glu-L-Lys
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3308
ポリマ－59,9624
非ポリマー3684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area6370 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.274, 88.274, 181.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-329-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer but the protein is found as a dimer in the crystal with a swapping of the N-terminus

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要素

#1: タンパク質 N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase amiD


分子量: 29376.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 MG1655 / 遺伝子: amiD, ybjR, b0867, JW0851 / プラスミド: pBAD/Myc-HisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: P75820, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: タンパク質・ペプチド Anhydro-N-acetylmuramic acid-L-Ala-D-gamma-Glu-L-Lys


分子量: 604.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1M LiCl, 10 % PEG 6K, 0.1M ZnCl2, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97885 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→47.5 Å / Num. obs: 42426 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5643 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BGX

2bgx
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.75→44.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 5.354 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25326 2136 5 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.20919 40210 98.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.923 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0.13 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2098 0 12 308 2418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4941.9673000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5825266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.923.704108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.66915350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6631518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21033
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21464
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.50921366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.19732137
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7992962
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9243858
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 169 -
Rwork0.283 2620 -
obs-2186 89.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
123.01253.78070.445316.2316-6.6932.9413-1.0101-0.90690.3139-0.0810.2557-1.0070.6546-0.88560.75440.17550.2044-0.04820.0834-0.19590.158239.95413.92664.299
20.47180.40560.76370.48591.02212.21030.03890.0549-0.08830.08640.1163-0.20490.08080.2517-0.15520.01480.057-0.04280.075-0.0420.002736.21435.83784.369
31.7369-0.05631.38950.1626-0.2061.30470.0320.0688-0.03060.00540.0001-0.01260.06240.1134-0.0320.01710.0329-0.03450.0511-0.026-0.003134.90139.33686.843
437.16620.9934-23.616552.562126.915530.13031.0823-0.40012.25171.55-1.22731.6493-0.6493-1.38310.1450.17790.2256-0.03710.0839-0.19220.154427.14457.295103.599
51.7437-0.5612-0.18011.18891.22673.1218-0.07990.0427-0.018-0.04230.0447-0.162-0.24260.17160.0352-0.01940.0043-0.05210.0609-0.02030.005242.99448.39687.982
61.0927-0.59760.35890.4999-0.18871.4781-0.19140.05240.19830.06930.0337-0.0969-0.27610.18050.15770.0662-0.0397-0.09670.0182-0.0020.033632.04157.94181.678
71.9767-0.10710.34041.2552-0.61592.0199-0.17-0.07840.07980.08220.11150.1086-0.2191-0.13810.05850.06930.0594-0.05850.0064-0.0117-0.008619.17357.5983.23
81.7769-1.0616-0.16651.57450.18142.7197-0.15860.16080.31610.0193-0.1185-0.1628-0.5816-0.04490.2770.08620.0051-0.1235-0.05080.02720.030626.89962.5779.582
911.44482.85927.65234.90665.771616.20910.0507-0.59370.1170.5198-0.14340.07380.2098-0.39690.09270.06640.026-0.01250.0830.01720.005325.32839.05692.67
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 136 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2AA14 - 6514 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3AA66 - 10866 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4AA109 - 118109 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5AA119 - 140119 - 140
6X-RAY DIFFRACTION6AA141 - 198141 - 198
7X-RAY DIFFRACTION7AA199 - 235199 - 235
8X-RAY DIFFRACTION8AA236 - 261236 - 261
9X-RAY DIFFRACTION9BB1 - 41 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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