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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d2q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MBNL1 tandem zinc finger 3 and 4 domain | ||||||
![]() | Muscleblind-like protein 1 | ||||||
![]() | METAL BINDING / RNA BINDING PROTEIN / tandem zinc finger domain / Alternative splicing / Metal-binding / Nucleus / RNA-binding / Zinc / Zinc-finger | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulatory region RNA binding / myoblast differentiation / embryonic limb morphogenesis / regulation of RNA splicing / RNA splicing / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / double-stranded RNA binding / nervous system development / in utero embryonic development ...regulatory region RNA binding / myoblast differentiation / embryonic limb morphogenesis / regulation of RNA splicing / RNA splicing / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / double-stranded RNA binding / nervous system development / in utero embryonic development / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Teplova, M. / Patel, D.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into RNA recognition by the alternative-splicing regulator muscleblind-like MBNL1. 著者: Teplova, M. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8169.182 Da / 分子数: 4 断片: tandem zinc finger 3 and 4 domains (UNP residues 178-246) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.79 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 詳細: 18% PEG 3350, 0.1M Mg acetate, 0.2 M sodium fluoride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2827 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 38947 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.089 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.674 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
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