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万見
- PDB-3d1m: Crystal Structure of Sonic Hedgehog Bound to the third FNIII doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d1m
タイトルCrystal Structure of Sonic Hedgehog Bound to the third FNIII domain of CDO
要素
  • Cell adhesion molecule
  • Sonic hedgehog protein
キーワードsignaling protein / cell adhesion / Fibronectin Protein-Protein Complex / Autocatalytic cleavage / Developmental protein / Glycoprotein / Hydrolase / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Protease / Secreted / Immunoglobulin domain / Transmembrane / signaling protein - cell adhesion COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain regionalization / cell proliferation in external granule layer / zona limitans intrathalamica formation / positive regulation of neurotrophin production / positive regulation of photoreceptor cell differentiation / fungiform papilla development / Release of Hh-Np from the secreting cell / digestive tract mesoderm development / epithelial-mesenchymal signaling involved in prostate gland development / fungiform papilla morphogenesis ...forebrain regionalization / cell proliferation in external granule layer / zona limitans intrathalamica formation / positive regulation of neurotrophin production / positive regulation of photoreceptor cell differentiation / fungiform papilla development / Release of Hh-Np from the secreting cell / digestive tract mesoderm development / epithelial-mesenchymal signaling involved in prostate gland development / fungiform papilla morphogenesis / ventral spinal cord interneuron specification / skeletal muscle satellite cell differentiation / tongue morphogenesis / respiratory tube development / Ligand-receptor interactions / Activation of SMO / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / embryonic body morphogenesis / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / trachea development / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / anatomical structure formation involved in morphogenesis / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / regulation of odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development / polarity specification of anterior/posterior axis / trunk neural crest cell migration / hindgut morphogenesis / striated muscle tissue development / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / regulation of glial cell proliferation / regulation of prostatic bud formation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / positive regulation of penile erection / formation of anatomical boundary / lung epithelium development / positive regulation of striated muscle cell differentiation / neural tube formation / trachea morphogenesis / myotube differentiation / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cholesterol-protein transferase activity / bud outgrowth involved in lung branching / telencephalon regionalization / epithelial-mesenchymal cell signaling / laminin-1 binding / Ligand-receptor interactions / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / Hedgehog ligand biogenesis / salivary gland cavitation / negative regulation of cholesterol efflux / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / spinal cord dorsal/ventral patterning / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / cell development / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / spinal cord motor neuron differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / intermediate filament organization / cerebellar granule cell precursor proliferation / mesenchymal cell apoptotic process / embryonic skeletal system development / male genitalia morphogenesis / limb bud formation / lung lobe morphogenesis / prostate gland development / Activation of SMO / skeletal muscle fiber differentiation / establishment of epithelial cell polarity / fungiform papilla formation / thalamus development / embryonic digestive tract morphogenesis / embryonic foregut morphogenesis / somite development / patched binding / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / hindbrain development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / animal organ formation / ectoderm development / neuron fate commitment / branching involved in prostate gland morphogenesis / stem cell development / dorsal/ventral neural tube patterning / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / negative thymic T cell selection / skeletal muscle cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region ...Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes / Sonic hedgehog protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者McLellan, J.S. / Leahy, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: The mode of Hedgehog binding to Ihog homologues is not conserved across different phyla.
著者: McLellan, J.S. / Zheng, X. / Hauk, G. / Ghirlando, R. / Beachy, P.A. / Leahy, D.J.
履歴
登録2008年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sonic hedgehog protein
B: Sonic hedgehog protein
C: Cell adhesion molecule
D: Cell adhesion molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,67410
ポリマ－61,3824
非ポリマー2916
水7,386410
1
A: Sonic hedgehog protein
D: Cell adhesion molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8375
ポリマ－30,6912
非ポリマー1463
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sonic hedgehog protein
C: Cell adhesion molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8375
ポリマ－30,6912
非ポリマー1463
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.179, 98.582, 144.047
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Sonic hedgehog protein / SHH / HHG-1 / Sonic hedgehog protein N-product / Sonic hedgehog protein C-product


分子量: 19030.389 Da / 分子数: 2
断片: N-terminal Domain, Sonic hedgehog protein N-product, residues 26-189
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Shh, Hhg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62226
#2: タンパク質 Cell adhesion molecule


分子量: 11660.819 Da / 分子数: 2 / 断片: Fibronectin type-III domain 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDON, CDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KMG0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 28% PEG 3350, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月24日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 55705 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 0.942 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Num. unique all: 5054 / Χ2: 0.805 / % possible all: 91.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→30.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.545 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 2693 4.9 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 55421 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.158 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.15 Å20 Å20 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3---2.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3911 0 6 410 4327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.9385412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4285479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.5924.369206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75915689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3161524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023094
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.22014
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22760
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0640.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7991.52469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25123881
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03131773
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9854.51531
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 182 -
Rwork0.259 3455 -
all-3637 -
obs--89.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4525-0.33690.07641.8413-0.31310.7613-0.01730.2467-0.3038-0.08680.03580.06840.0540.1351-0.0185-0.1622-0.0212-0.0098-0.14-0.0179-0.135851.031-39.49418.529
21.63170.4235-0.19421.91060.06171.0982-0.00280.19640.1183-0.1412-0.0272-0.0423-0.1132-0.15130.03-0.1251-0.0073-0.0291-0.1110.0168-0.137448.59620.67416.238
32.2960.63520.05834.1223-0.36121.8607-0.08470.1753-0.2779-0.160.0077-0.73640.18970.01050.077-0.1523-0.01640.0527-0.1839-0.00630.014559.562-1.07919.163
42.6828-0.5269-0.04912.1534-0.38632.1044-0.05760.39270.2019-0.0220.09310.2157-0.1982-0.0918-0.0355-0.1213-0.0285-0.0394-0.12790.0785-0.072539.118-16.90217.165
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A41 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2B40 - 189
3X-RAY DIFFRACTION3C829 - 924
4X-RAY DIFFRACTION4D826 - 924

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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