[日本語] English
万見
- PDB-3d12: Crystal Structures of Nipah Virus G Attachment Glycoprotein in Co... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d12
タイトルCrystal Structures of Nipah Virus G Attachment Glycoprotein in Complex with its Receptor Ephrin-B3
要素
  • Ephrin-B3
  • Hemagglutinin-neuraminidase
キーワードHYDROLASE/MEMBRANE PROTEIN / Beta propeller / Protein-Receptor complex / Envelope protein / Glycoprotein / Hemagglutinin / Hydrolase / Membrane / Signal-anchor / Transmembrane / Virion / Developmental protein / Differentiation / Neurogenesis / HYDROLASE-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of presynapse assembly / axon choice point recognition / trans-synaptic signaling by trans-synaptic complex, modulating synaptic transmission / Ephrin signaling / EPH-Ephrin signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / EPHB-mediated forward signaling / negative regulation of axonogenesis / membrane fusion involved in viral entry into host cell / adult walking behavior ...positive regulation of presynapse assembly / axon choice point recognition / trans-synaptic signaling by trans-synaptic complex, modulating synaptic transmission / Ephrin signaling / EPH-Ephrin signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / EPHB-mediated forward signaling / negative regulation of axonogenesis / membrane fusion involved in viral entry into host cell / adult walking behavior / exo-alpha-sialidase activity / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission / ephrin receptor binding / T cell costimulation / axon guidance / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / postsynaptic density membrane / presynaptic membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ephrin receptor-binding domain / Ephrin, conserved site / Ephrin / Ephrin / Ephrin receptor-binding (ephrin RBD) domain signature. / Ephrin receptor-binding (ephrin RBD) domain profile. / Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 ...Ephrin receptor-binding domain / Ephrin, conserved site / Ephrin / Ephrin / Ephrin receptor-binding (ephrin RBD) domain signature. / Ephrin receptor-binding (ephrin RBD) domain profile. / Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ephrin-B3 / Glycoprotein G
類似検索 - 構成要素
生物種Nipah virus (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.005 Å
データ登録者Xu, K. / Rajashankar, K.R. / Chan, Y.P. / Himanen, P. / Broder, C.C. / Nikolov, D.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Host cell recognition by the henipaviruses: crystal structures of the Nipah G attachment glycoprotein and its complex with ephrin-B3.
著者: Xu, K. / Rajashankar, K.R. / Chan, Y.P. / Himanen, J.P. / Broder, C.C. / Nikolov, D.B.
履歴
登録2008年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Atomic model
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.details / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin-neuraminidase
B: Ephrin-B3
D: Hemagglutinin-neuraminidase
E: Ephrin-B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,76034
ポリマ－128,0634
非ポリマー7,69630
水2,018112
1
A: Hemagglutinin-neuraminidase
B: Ephrin-B3
ヘテロ分子

D: Hemagglutinin-neuraminidase
E: Ephrin-B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,76034
ポリマ－128,0634
非ポリマー7,69630
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_544y,x-1,-z-1/31
Buried area18000 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area47460 Å2
手法PISA
2
D: Hemagglutinin-neuraminidase
E: Ephrin-B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,88017
ポリマ－64,0322
非ポリマー3,84815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7840 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area25200 Å2
手法PISA
3
A: Hemagglutinin-neuraminidase
B: Ephrin-B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,88017
ポリマ－64,0322
非ポリマー3,84815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area24830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.492, 189.492, 277.052
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Hemagglutinin-neuraminidase


分子量: 47966.520 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 176-602 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah virus (ウイルス) / 遺伝子: HN / プラスミド: pAcGP67
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q9IH62, exo-alpha-sialidase
#2: タンパク質 Ephrin-B3


分子量: 16065.159 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-169 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Efnb3 / プラスミド: pAcGP67
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O35393

-
糖 , 6種, 8分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-glucopyranose-(1-6)]beta-D-gulopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-glucopyranose-(1-6)]beta-D-gulopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[beta-D-glucopyranose-(1-3)][alpha-D-glucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-idopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3[DGlcpa1-6]DGulpb1-4DGalpNAcb1-4[DGlcpb1-3][DGlcpa1-6]DIdopNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,7,6/[a1212h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2212h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-3-4-2-5-5/a3-b1_a4-c1_a6-g1_c4-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-IdopNAc]{[(3+1)][a-L-Idop]{}[(4+1)][b-L-GalpNAc]{[(4+1)][a-D-Gulp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}[(6+1)][a-L-Glcp]{}}}[(6+1)][a-L-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-glucopyranose-(1-6)]beta-D-gulopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-glucopyranose-(1-6)]beta-D-gulopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-L-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-glucopyranose-(1-3)][alpha-L-galactopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-gulopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3[DGlcpa1-6]DGulpb1-4LGlcpNAca1-4[DGlcpb1-3][LGalpa1-6]DGulpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,7,6/[a2212h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5][a1211h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2212h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5][a1221h-1a_1-5]/1-2-3-4-2-5-6/a3-b1_a4-c1_a6-g1_c4-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GulpNAc]{[(3+1)][a-L-Idop]{}[(4+1)][b-L-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Gulp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}[(6+1)][a-L-Glcp]{}}}[(6+1)][a-L-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 134分子

#9: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE STEREOCHEMISTRIES OF BGC 1466D AND GLC 1465D LIGANDS ARE AMBIGUOUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5M Li2SO4 and 100mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9192 Å
検出器日付: 2007年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9192 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 58204 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.196 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.113.50.46956390.793198.1
3.11-3.233.70.33257000.826198.8
3.23-3.383.70.24957410.894198.8
3.38-3.563.70.17857311.028199
3.56-3.783.70.1357721.254199
3.78-4.073.60.10557711.405199.1
4.07-4.483.60.07858271.713199.2
4.48-5.133.60.06758621.763199.2
5.13-6.463.50.05759471.332199.4
6.46-403.40.02962140.921198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化解像度: 3.005→39.337 Å / FOM work R set: 0.795 / 立体化学のターゲット値: ml
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 2676 4.97 %
Rwork0.221 --
obs-53799 91.31 %
溶媒の処理Bsol: 29.077 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 132.01 Å2 / Biso mean: 69.13 Å2 / Biso min: 35.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.962 Å20 Å2-0 Å2
2--9.962 Å20 Å2
3----19.924 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.005→39.337 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9004 0 482 112 9598
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9271
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3661
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.0961
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
3.005-3.0150.331290X-RAY DIFFRACTION10253
3.015-3.0250.326432X-RAY DIFFRACTION10275
3.025-3.0350.33396X-RAY DIFFRACTION10274
3.035-3.0450.338450X-RAY DIFFRACTION10276
3.045-3.0560.327443X-RAY DIFFRACTION10278
3.056-3.0660.306424X-RAY DIFFRACTION10277
3.066-3.0770.308431X-RAY DIFFRACTION10277
3.077-3.0880.303466X-RAY DIFFRACTION10282
3.088-3.0990.318451X-RAY DIFFRACTION10277
3.099-3.110.28445X-RAY DIFFRACTION10278
3.11-3.1210.316418X-RAY DIFFRACTION10277
3.121-3.1330.28454X-RAY DIFFRACTION10280
3.133-3.1450.307466X-RAY DIFFRACTION10283
3.145-3.1560.301490X-RAY DIFFRACTION10282
3.156-3.1680.284448X-RAY DIFFRACTION10281
3.168-3.1810.283432X-RAY DIFFRACTION10276
3.181-3.1930.291469X-RAY DIFFRACTION10281
3.193-3.2060.286445X-RAY DIFFRACTION10280
3.206-3.2180.306482X-RAY DIFFRACTION10283
3.218-3.2310.269465X-RAY DIFFRACTION10284
3.231-3.2450.275477X-RAY DIFFRACTION10285
3.245-3.2580.273488X-RAY DIFFRACTION10282
3.258-3.2720.294462X-RAY DIFFRACTION10283
3.272-3.2860.268455X-RAY DIFFRACTION10281
3.286-3.30.267479X-RAY DIFFRACTION10284
3.3-3.3140.282480X-RAY DIFFRACTION10283
3.314-3.3290.278492X-RAY DIFFRACTION10284
3.329-3.3440.28472X-RAY DIFFRACTION10288
3.344-3.3590.283488X-RAY DIFFRACTION10284
3.359-3.3750.255470X-RAY DIFFRACTION10283
3.375-3.390.263502X-RAY DIFFRACTION10286
3.39-3.4060.257458X-RAY DIFFRACTION10283
3.406-3.4230.272484X-RAY DIFFRACTION10286
3.423-3.440.284479X-RAY DIFFRACTION10284
3.44-3.4570.261492X-RAY DIFFRACTION10284
3.457-3.4740.253466X-RAY DIFFRACTION10285
3.474-3.4910.244518X-RAY DIFFRACTION10286
3.491-3.510.258468X-RAY DIFFRACTION10284
3.51-3.5280.25503X-RAY DIFFRACTION10287
3.528-3.5470.249481X-RAY DIFFRACTION10287
3.547-3.5660.257493X-RAY DIFFRACTION10286
3.566-3.5860.238501X-RAY DIFFRACTION10288
3.586-3.6060.23479X-RAY DIFFRACTION10284
3.606-3.6270.236503X-RAY DIFFRACTION10289
3.627-3.6480.223518X-RAY DIFFRACTION10285
3.648-3.6690.208475X-RAY DIFFRACTION10288
3.669-3.6910.226508X-RAY DIFFRACTION10288
3.691-3.7140.211497X-RAY DIFFRACTION10289
3.714-3.7370.208501X-RAY DIFFRACTION10287
3.737-3.7610.206505X-RAY DIFFRACTION10290
3.761-3.7850.193509X-RAY DIFFRACTION10288
3.785-3.810.211509X-RAY DIFFRACTION10288
3.81-3.8360.199491X-RAY DIFFRACTION10287
3.836-3.8620.213513X-RAY DIFFRACTION10288
3.862-3.890.22490X-RAY DIFFRACTION10288
3.89-3.9180.212498X-RAY DIFFRACTION10288
3.918-3.9460.205551X-RAY DIFFRACTION10290
3.946-3.9760.221488X-RAY DIFFRACTION10289
3.976-4.0070.188513X-RAY DIFFRACTION10289
4.007-4.0380.203501X-RAY DIFFRACTION10288
4.038-4.0710.194509X-RAY DIFFRACTION10289
4.071-4.1040.204511X-RAY DIFFRACTION10289
4.104-4.1390.176512X-RAY DIFFRACTION10288
4.139-4.1750.193512X-RAY DIFFRACTION10290
4.175-4.2120.182538X-RAY DIFFRACTION10290
4.212-4.2510.166505X-RAY DIFFRACTION10291
4.251-4.2910.177523X-RAY DIFFRACTION10291
4.291-4.3320.169507X-RAY DIFFRACTION10289
4.332-4.3760.169534X-RAY DIFFRACTION10292
4.376-4.4210.178531X-RAY DIFFRACTION10291
4.421-4.4680.172532X-RAY DIFFRACTION10292
4.468-4.5170.158532X-RAY DIFFRACTION10291
4.517-4.5680.162516X-RAY DIFFRACTION10292
4.568-4.6220.174541X-RAY DIFFRACTION10291
4.622-4.6780.153511X-RAY DIFFRACTION10291
4.678-4.7370.185546X-RAY DIFFRACTION10291
4.737-4.7990.162506X-RAY DIFFRACTION10291
4.799-4.8650.16536X-RAY DIFFRACTION10291
4.865-4.9340.17524X-RAY DIFFRACTION10291
4.934-5.0080.164544X-RAY DIFFRACTION10292
5.008-5.0860.169526X-RAY DIFFRACTION10291
5.086-5.1690.167538X-RAY DIFFRACTION10291
5.169-5.2580.186542X-RAY DIFFRACTION10293
5.258-5.3530.174528X-RAY DIFFRACTION10292
5.353-5.4560.186544X-RAY DIFFRACTION10292
5.456-5.5670.182550X-RAY DIFFRACTION10293
5.567-5.6880.219524X-RAY DIFFRACTION10291
5.688-5.820.186532X-RAY DIFFRACTION10292
5.82-5.9650.198554X-RAY DIFFRACTION10292
5.965-6.1260.202540X-RAY DIFFRACTION10292
6.126-6.3050.204556X-RAY DIFFRACTION10293
6.305-6.5080.218551X-RAY DIFFRACTION10293
6.508-6.7390.236544X-RAY DIFFRACTION10293
6.739-7.0080.23556X-RAY DIFFRACTION10293
7.008-7.3250.242559X-RAY DIFFRACTION10293
7.325-7.7080.219540X-RAY DIFFRACTION10290
7.708-8.1870.213570X-RAY DIFFRACTION10294
8.187-8.8120.207563X-RAY DIFFRACTION10294
8.812-9.6870.209578X-RAY DIFFRACTION10294
9.687-11.0620.187584X-RAY DIFFRACTION10294
11.062-13.8350.224595X-RAY DIFFRACTION10293
13.835-39.3410.321625X-RAY DIFFRACTION10291

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る