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- PDB-3kzu: Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kzu
タイトルCrystal structure of 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II from Brucella melitensis
要素3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) synthase ii
キーワードTRANSFERASE / acyl carrier protein / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II from Brucella melitensis
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2009年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) synthase ii
B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) synthase ii
C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) synthase ii
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,9909
ポリマ－135,5163
非ポリマー4746
水22,8431268
1
A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) synthase ii
B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) synthase ii
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6606
ポリマ－90,3442
非ポリマー3164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
2
C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) synthase ii
ヘテロ分子

C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) synthase ii
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6606
ポリマ－90,3442
非ポリマー3164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6670 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area25400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.020, 62.320, 177.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A0 - 420
2114B0 - 420
3114C0 - 420

-
要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) synthase ii


分子量: 45171.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌)
遺伝子: BMEI1473 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8YFP7, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Hampton CSHT condition B5: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 30% w/v PEG 4000, 25% ethylene glycol as cryo-protectant, 51.0 mg/mL protein, crystal tracking ID 205856b5, VAPOR ...詳細: Hampton CSHT condition B5: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 30% w/v PEG 4000, 25% ethylene glycol as cryo-protectant, 51.0 mg/mL protein, crystal tracking ID 205856b5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979464 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979464 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 536301 / Num. obs: 119229 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 22.489 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.32
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. measured obs: 32363 / Num. unique all: 8234 / Num. unique obs: 8234 / % possible all: 90.5

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 37.93 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å42.63 Å
Translation3 Å42.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3E60

3e60


解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.165 / WRfactor Rwork: 0.136 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.898 / SU B: 4.32 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / SU Rfree: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 5996 5 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.15 119225 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.9 Å2 / Biso mean: 10.905 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å20 Å20.09 Å2
2--1.44 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9221 0 27 1268 10516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0219593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3431.96513054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.54751312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24923.01402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.204151526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6861594
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6361.56300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.084210067
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02733293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3194.52959
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3028 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.280.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.260.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.330.5
1AMEDIUM THERMAL0.782
2BMEDIUM THERMAL0.72
3CMEDIUM THERMAL0.822
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 397 -
Rwork0.213 7827 -
all-8224 -
obs--90.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90610.0694-0.20220.1976-0.00160.41010.05460.05290.1013-0.02160.0274-0.0506-0.07410.0573-0.0820.0591-0.0240.01160.0272-0.01680.056736.9194.241520.1375
21.06320.0239-0.31680.25350.08160.47960.0383-0.18290.01550.02850.0073-0.0177-0.01010.0349-0.04560.0398-0.0126-0.01370.0381-0.00190.014316.8545-3.320941.4068
30.67490.0534-0.28780.2044-0.03910.4874-0.0343-0.0052-0.0155-0.01430.0009-0.02030.0330.02430.03340.01530.0031-0.00710.0370.00240.012743.4531-29.081877.3287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 420
2X-RAY DIFFRACTION1A421 - 422
3X-RAY DIFFRACTION1A423 - 1238
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 420
5X-RAY DIFFRACTION2B421 - 422
6X-RAY DIFFRACTION2B423 - 1252
7X-RAY DIFFRACTION3C1 - 420
8X-RAY DIFFRACTION3C421 - 422
9X-RAY DIFFRACTION3C423 - 1268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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