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万見
- PDB-3d0x: Crystal Structure of the unbound lysine riboswitch -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d0x
タイトルCrystal Structure of the unbound lysine riboswitch
要素RNA (161-MER)
キーワードRNA / riboswitch
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Batey, R.T. / Garst, A.D. / Heroux, A. / Rambo, R.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the lysine riboswitch regulatory mRNA element.
著者: Garst, A.D. / Heroux, A. / Rambo, R.P. / Batey, R.T.
履歴
登録2008年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (161-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4651
ポリマ－52,4651
非ポリマー00
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.193, 120.193, 58.248
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: RNA鎖 RNA (161-MER)


分子量: 52465.289 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.43 %
結晶化詳細: LITHIUM SULFATE, MAGNESIUM CHLORIDE, IRIDIUM HEXAMMINE, SODIUM HEPES
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1LITHIUM SULFATE11
2MAGNESIUM CHLORIDE11
3IRIDIUM HEXAMMINE11
4SODIUM HEPES11
5LITHIUM SULFATE12
6MAGNESIUM CHLORIDE12
7IRIDIUM HEXAMMINE12
8SODIUM HEPES12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月26日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→19.7 Å / Num. obs: 19610 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.62 % / Biso Wilson estimate: 55.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 3.63 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.95 Å17.11 Å
Translation2.95 Å17.11 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3D0U without lysine

3d0u


解像度: 2.95→17.112 Å / SU ML: 0.42 / 位相誤差: 23.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2203 1999 10.19 %
Rwork0.1872 --
obs0.1907 19610 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 8.987 Å2 / ksol: 0.208 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.97 Å2-0 Å20 Å2
2---7.97 Å2-0 Å2
3---15.941 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→17.112 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3479 0 60 3539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.056088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3321607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002161
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.0230.3831430.35112731416100
3.023-3.1050.361480.31512581406100
3.105-3.1960.3251420.27312571399100
3.196-3.2980.2471480.24512511399100
3.298-3.4150.31450.22912791424100
3.415-3.5510.2551400.21812601400100
3.551-3.7110.2191400.19612721412100
3.711-3.9040.2471360.18812771413100
3.904-4.1450.251480.17612621410100
4.145-4.460.221370.1631247138499
4.46-4.8990.1811400.15812631403100
4.899-5.5870.1551370.1312651402100
5.587-6.9590.1651460.1331243138999
6.959-17.1130.1441490.1291204135396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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