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万見
- PDB-3d0u: Crystal Structure of Lysine Riboswitch Bound to Lysine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d0u
タイトルCrystal Structure of Lysine Riboswitch Bound to Lysine
要素Lysine Riboswitch RNA
キーワードRNA / RNA-ligand complex / riboswitch
機能・相同性IRIDIUM HEXAMMINE ION / LYSINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Garst, A.D. / Heroux, A. / Rambo, R.P. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the lysine riboswitch regulatory mRNA element.
著者: Garst, A.D. / Heroux, A. / Rambo, R.P. / Batey, R.T.
履歴
登録2008年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine Riboswitch RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4965
ポリマ－52,4651
非ポリマー1,0304
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.823, 119.823, 58.744
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: RNA鎖 Lysine Riboswitch RNA


分子量: 52465.289 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sequence occurs naturally in Thermotoga Maritima
#2: 化合物 ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#3: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.5 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2 M Li2SO4, 5 mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Li2SO411
2MgCl211
3Li2SO412
4MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.105 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月28日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.105 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5 % / Av σ(I) over netI: 13.5 / 数: 122605 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 2.35 / D res high: 2.7 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 24657 / % possible obs: 95.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.814099.110.0656.0035.2
4.625.8110010.0754.085.3
4.034.6210010.0762.7415.4
3.664.0310010.082.2255.5
3.43.6610010.0931.8435.5
3.23.410010.111.6325.5
3.043.210010.1421.2015.4
2.913.0499.910.2220.6725
2.82.9196.610.3480.4873.7
2.72.861.410.4030.4042.2
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 24657 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 2.353 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Num. unique all: 1601 / Χ2: 0.404 / % possible all: 61.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→32.619 Å / FOM work R set: 0.862 / σ(F): 0.41 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 1889 8.34 %
Rwork0.182 --
obs0.184 22659 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 8.453 Å2 / ksol: 0.208 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 16.66 Å2 / Biso mean: 54.61 Å2 / Biso min: 549.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.9203 Å2-0 Å20 Å2
2---7.9203 Å2-0 Å2
3---15.8407 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→32.619 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3479 31 45 3555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053909
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0876106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07802
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.481616
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.8760.3461180.3191379149786
2.876-2.960.3111380.3061535167393
2.96-3.0560.291540.2631585173998
3.056-3.1650.2871520.2511618177099
3.165-3.2920.2491450.2181622176799
3.292-3.4410.2141490.2041635178499
3.441-3.6220.1961540.1841613176799
3.622-3.8490.1931470.1711623177099
3.849-4.1460.1841380.1621642178099
4.146-4.5620.1821430.14216271770100
4.562-5.220.1511510.13716391790100
5.22-6.5670.1691500.12616311781100
6.567-32.6210.1441500.1291621177199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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