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- PDB-3cxd: Crystal structure of anti-osteopontin antibody 23C3 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cxd
タイトルCrystal structure of anti-osteopontin antibody 23C3 in complex with its epitope peptide
要素
  • Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Heavy chain
  • Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Light chain
  • a peptide from osteopontin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / osteopontin / OPN / antibody-antigen complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of collateral sprouting of intact axon in response to injury / positive regulation of estradiol secretion / androgen catabolic process / biomineral tissue development / response to macrophage colony-stimulating factor / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to testosterone stimulus / Signaling by PDGF / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / response to vitamin D ...negative regulation of collateral sprouting of intact axon in response to injury / positive regulation of estradiol secretion / androgen catabolic process / biomineral tissue development / response to macrophage colony-stimulating factor / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to testosterone stimulus / Signaling by PDGF / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / response to vitamin D / extracellular matrix binding / response to steroid hormone / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / small molecule binding / positive regulation of bone resorption / decidualization / Integrin cell surface interactions / Degradation of the extracellular matrix / embryo implantation / cytokine activity / cell projection / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / osteoblast differentiation / integrin binding / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Osteopontin / Osteopontin, conserved site / Osteopontin / Osteopontin signature. / Osteopontin / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Du, J. / Yang, H. / Zhong, C. / Ding, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Molecular basis of recognition of human osteopontin by 23C3, a potential therapeutic antibody for treatment of rheumatoid arthritis
著者: Du, J. / Hou, S. / Zhong, C. / Lai, Z. / Yang, H. / Dai, J. / Zhang, D. / Wang, H. / Guo, Y. / Ding, J.
履歴
登録2008年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Light chain
H: Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Heavy chain
P: a peptide from osteopontin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3084
ポリマ－47,5593
非ポリマー7491
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.318, 92.020, 122.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Light chain


分子量: 23070.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: ascites
#2: 抗体 Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Heavy chain


分子量: 23131.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: ascites
#3: タンパク質・ペプチド a peptide from osteopontin


分子量: 1356.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: the osteopontin peptide is synthesized at Shanghai HD Bioscience Company
参照: UniProt: P10451
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 % / Mosaicity: 1.19 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.2M di-sodium tartrate, 20% PEG3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 12125 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.65 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Χ2: 1.07 / Net I/σ(I): 5 / Scaling rejects: 2282
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.97.040.2932.1841511940.53100
2.9-3.0270.272.3851112130.62100
3.02-3.156.960.2462.6840312050.82100
3.15-3.326.890.2223846912241.07100
3.32-3.526.790.1863.7833512141.2599.6
3.52-3.86.690.1524.6811111881.498.8
3.8-4.176.570.1325.6832012291.4498.6
4.17-4.776.190.0938.1778411971.4197.2
4.77-5.986.260.0868.8807412321.2397.6
5.98-206.160.06410.685451229192.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK7.1SSIデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JHK

1jhk


解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 40.348 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.455 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 613 5.1 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.251 12083 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.378 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7 Å20 Å20 Å2
2---1.43 Å20 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3323 0 50 0 3373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0031.9574733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9255435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1124.453137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.79815515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5441512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.21335
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22310
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1280.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0580.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6971.52222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24423519
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3231438
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6524.51214
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.5133660
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded0.55533373
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.477 32 -
Rwork0.373 836 -
all-868 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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