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- PDB-3cxb: Crystal Structure of sifa and skip -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cxb
タイトルCrystal Structure of sifa and skip
要素
  • Pleckstrin homology domain-containing family M member 2
  • Protein sifA
キーワードSIGNALING PROTEIN / sifa / skip / complex / Virulence / Cytoplasm / Membrane / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host small GTPase-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host Rab small GTPase signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host microtubule cytoskeleton / lysosome localization / natural killer cell mediated cytotoxicity / Golgi organization / kinesin binding / regulation of protein localization / host cell cytoplasm / endosome membrane ...symbiont-mediated perturbation of host small GTPase-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host Rab small GTPase signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host microtubule cytoskeleton / lysosome localization / natural killer cell mediated cytotoxicity / Golgi organization / kinesin binding / regulation of protein localization / host cell cytoplasm / endosome membrane / lysosomal membrane / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Secreted effector protein SifA helical domain / Secreted effector protein SifA fold / Secreted effector protein SifA / Salmonella typhimurium protein / Sif / Secreted effector protein SifA, C-terminal domain superfamily / Sif protein / : / : / PLEKHM2 PH domain-like ...Secreted effector protein SifA helical domain / Secreted effector protein SifA fold / Secreted effector protein SifA / Salmonella typhimurium protein / Sif / Secreted effector protein SifA, C-terminal domain superfamily / Sif protein / : / : / PLEKHM2 PH domain-like / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Enolase-like; domain 1 / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Secreted effector protein SifA / Pleckstrin homology domain-containing family M member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Huang, Z. / Chai, J.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2008
タイトル: Structure and function of Salmonella SifA indicate that its interactions with SKIP, SseJ, and RhoA family GTPases induce endosomal tubulation
著者: Ohlson, M.B. / Huang, Z. / Alto, N.M. / Blanc, M.P. / Dixon, J.E. / Chai, J. / Miller, S.I.
履歴
登録2008年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein sifA
B: Pleckstrin homology domain-containing family M member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9152
ポリマ－50,9152
非ポリマー00
水2,162120
1
A: Protein sifA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5461
ポリマ－38,5461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pleckstrin homology domain-containing family M member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3691
ポリマ－12,3691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.690, 110.679, 45.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Protein sifA


分子量: 38546.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: sifA, STM1224 / プラスミド: PET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q56061
#2: タンパク質 Pleckstrin homology domain-containing family M member 2 / Salmonella-induced filaments A and kinesin-interacting protein / SifA and kinesin-interacting protein / SKIP


分子量: 12369.099 Da / 分子数: 1 / Fragment: PH motif, UNP residues 773-884 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEKHM2, KIAA0842, SKIP / プラスミド: pGEX6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8IWE5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% Poly acrylic acid5100, 0.05M magnesium chloride, 0.1M Hepes, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU30011.5418
シンクロトロンBSRF 3W1A20.9793, 0.9792, 0.9641
検出器日付: 2006年10月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.97931
30.97921
40.96411
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 14889 / Num. obs: 14191 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Num. unique all: 1492 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2877 694 -RANDOM
Rwork0.2582 ---
all-14191 --
obs-13497 95.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.5961 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.351 Å20 Å20 Å2
2--11.596 Å20 Å2
3----24.947 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3215 0 0 120 3335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.49
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.008
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.68 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4403 44 -
Rwork0.3834 --
obs-952 95.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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