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- PDB-3cx5: Structure of complex III with bound cytochrome c in reduced state... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cx5
タイトルStructure of complex III with bound cytochrome c in reduced state and definition of a minimal core interface for electron transfer.
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 7
  • CYTOCHROME B
  • Cytochrome c iso-1
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
  • HEAVY CHAIN (VH) OF FV-FRAGMENT
  • LIGHT CHAIN (VL) OF FV-FRAGMENT
キーワードOXIDOREDUCTASE / COMPLEX III / CYTOCHROME C / ELECTRON TRANSFER COMPLEX / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / MITOCHONDRIALTRANSMEMBRANE COMPLEX / RESPIRATORY CHAIN / TRANSIENT PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / Electron transport / Inner membrane / Mitochondrion / Transit peptide / Transport / Phosphoprotein / Heme / Iron / Metal-binding / Iron-sulfur / Methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly ...Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / cardiolipin binding / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / proton transmembrane transport / nuclear periphery / aerobic respiration / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 ...Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c, class IA/ IB / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / Chem-6PH / Chem-7PH / Chem-8PE / Chem-9PE / Chem-CN3 / Chem-CN5 / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / STIGMATELLIN A ...sucrose / Chem-6PH / Chem-7PH / Chem-8PE / Chem-9PE / Chem-CN3 / Chem-CN5 / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / STIGMATELLIN A / Cytochrome c isoform 1 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Solmaz, S.R.N. / Hunte, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure of complex III with bound cytochrome c in reduced state and definition of a minimal core interface for electron transfer.
著者: Solmaz, S.R. / Hunte, C.
履歴
登録2008年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月25日Group: Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
C: CYTOCHROME B
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
I: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
J: HEAVY CHAIN (VH) OF FV-FRAGMENT
K: LIGHT CHAIN (VL) OF FV-FRAGMENT
L: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
M: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
N: CYTOCHROME B
O: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
P: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
Q: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
R: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
S: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
T: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
U: HEAVY CHAIN (VH) OF FV-FRAGMENT
V: LIGHT CHAIN (VL) OF FV-FRAGMENT
W: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)534,16748
ポリマ－519,94423
非ポリマー14,22325
水29,6891648
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.120, 165.090, 194.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

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Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 7種, 14分子 ALBMEPFQGRHSIT

#1: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Ubiquinol- cytochrome-c reductase complex core protein 1 / Core protein I / Complex III subunit 1


分子量: 47445.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07256, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Ubiquinol- cytochrome-c reductase complex core protein 2 / Core protein II / Complex III subunit 2


分子量: 38751.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07257, quinol-cytochrome-c reductase
#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex ...Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex III subunit 5


分子量: 20122.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08067, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 17 kDa protein / Cytochrome c1 non-heme 17 kDa protein / ...Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 17 kDa protein / Cytochrome c1 non-heme 17 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Complex III subunit 6 / Complex III subunit VI


分子量: 17144.879 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-147 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00127, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome c reductase c reductase complex 14 kDa protein / Complex III subunit 7 / ...Ubiquinol-cytochrome c reductase c reductase complex 14 kDa protein / Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII


分子量: 14452.557 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-127 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00128, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C / Ubiquinol-cytochrome c ...Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein / Complex III subunit VII / Complex III subunit 8


分子量: 10856.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08525, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.3 kDa protein / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / ...Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.3 kDa protein / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Complex III subunit X / Complex III subunit 9


分子量: 7354.140 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-66 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22289, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 3種, 5分子 CNDOW

#3: タンパク質 CYTOCHROME B


分子量: 43686.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00163, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c-1 / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex ...Cytochrome c-1 / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome c1 subunit / Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV


分子量: 27807.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07143, quinol-cytochrome-c reductase
#12: タンパク質 Cytochrome c iso-1


分子量: 12115.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00044

-
抗体 , 2種, 4分子 JUKV

#10: 抗体 HEAVY CHAIN (VH) OF FV-FRAGMENT


分子量: 14365.817 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83
#11: 抗体 LIGHT CHAIN (VL) OF FV-FRAGMENT


分子量: 11926.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83

-
糖 , 1種, 1分子

#13: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 11種, 1672分子

#14: 化合物 ChemComp-6PH / (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 592.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H61O8P
#15: 化合物 ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド


分子量: 496.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#16: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#17: 化合物 ChemComp-SMA / STIGMATELLIN A


分子量: 514.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7
#18: 化合物 ChemComp-8PE / (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物 ChemComp-9PE / (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 593.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H60NO8P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物 ChemComp-CN5 / (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate / CARDIOLIPIN


分子量: 634.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H52O13P2
#21: 化合物 ChemComp-7PH / (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 564.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H57O8P
#22: 化合物 ChemComp-CN3 / (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate / CARDIOLIPIN


分子量: 834.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H68O17P2
#23: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#24: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch (paraffin oil) / pH: 7.5
詳細: 1M Sucrose, 10% DMSO, 20mM Tris pH 7.5, 80mM NaCl, 0.05 % UM, 1 M stigmatellin, 5% PEG 4000, Microbatch (paraffin oil), temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月11日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19 Å / Num. all: 662364 / Num. obs: 660107 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.9→2.2 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Rsym value: 0.436 / % possible all: 79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DNAデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1KB9 and 1YCC

1kb9

1ycc


解像度: 1.9→18.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 5697725.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 33007 5 %RANDOM
Rwork0.245 ---
all0.245 662364 --
obs0.245 660107 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.5503 Å2 / ksol: 0.355637 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.48 Å20 Å20.45 Å2
2---5.98 Å20 Å2
3----4.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→18.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35408 0 955 1648 38011
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.822.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 4805 5 %
Rwork0.381 91275 -
obs--83.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_mod.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3parhcsdx.sozanne13.bc1tophcsdx.sozanne13.bc1
X-RAY DIFFRACTION4protein.link

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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