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- PDB-3cwx: Crystal structure of cagd from helicobacter pylori pathogenicity ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cwx
タイトルCrystal structure of cagd from helicobacter pylori pathogenicity island
要素protein CagD
キーワードUNKNOWN FUNCTION / CagD / cag-pathogenicity island / Type IV secretion system / T4SS
機能・相同性Pathogenicity island component CagD / Pathogenicity island component CagD / Pathogenicity island component CagD superfamily / Pathogenicity island component CagD / Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / CagD
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cendron, L. / Zanotti, G. / Angelini, A. / Barison, N. / Couturier, M. / Stein, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Helicobacter pylori CagD (HP0545, Cag24) protein is essential for CagA translocation and maximal induction of interleukin-8 secretion.
著者: Cendron, L. / Couturier, M. / Angelini, A. / Barison, N. / Stein, M. / Zanotti, G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of CagZ, a protein from the Helicobacter pylori pathogenicity island that encodes for a type IV secretion system
著者: Cendron, L. / Seydel, A. / Angelini, A. / Battistutta, R. / Zanotti, G.
#2: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct.,Genet. / 年: 2007
タイトル: The crystal structure of CagS from the Helicobacter pylori pathogenicity island
著者: Cendron, L. / Tasca, E. / Seraglio, T. / Seydel, A. / Angelini, A. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G.
履歴
登録2008年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein CagD
B: protein CagD
C: protein CagD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3323
ポリマ－62,3323
非ポリマー00
水2,846158
1
A: protein CagD
B: protein CagD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5552
ポリマ－41,5552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14140 Å2
手法PISA
2
C: protein CagD

C: protein CagD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5552
ポリマ－41,5552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area1730 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.181, 117.956, 65.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 protein CagD / HP0525 / Cag24


分子量: 20777.463 Da / 分子数: 3 / 断片: CagD / 変異: V79M, V140M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: CCUG 17874 / 遺伝子: cagD / プラスミド: pET28b-cagD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P94837
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.2 M MgGl2, 0.1M Hepes, 20% PEG 6000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97942, 0.97420, 0.97814
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979421
20.97421
30.978141
反射解像度: 2.2→62.26 Å / Num. all: 28577 / Num. obs: 28577 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 4107 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→62.26 Å / Num. parameters: 13079 / Num. restraintsaints: 12726 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 2783 10 %RANDOM
all0.242 27833 --
obs0.242 27833 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3361
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→62.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3105 0 0 158 3263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0232
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.097
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 446 -
Rwork0.238 --
obs-4287 9.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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