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- PDB-3cvn: Structure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cvn
タイトルStructure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain of Trypanosoma brucei Peroxin 5 (TbPEX5)complexed to T. brucei Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) PTS1 peptide
要素
  • Peroxisome targeting signal 1 receptor
  • T. brucei GAPDH PTS1 peptide Ac-DRDAAKL
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TPR motifs / TPR protein / Peroxin 5 / PEX5 / PTS1 binding domain / Protein-peptide complex / Receptor / TPR repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, docking / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glycosome / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / peroxisomal membrane / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding ...peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, docking / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glycosome / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / peroxisomal membrane / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PEX5/PEX5L / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain ...PEX5/PEX5L / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, glycosomal / Peroxisome targeting signal 1 receptor / Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Roach, C. / Michels, P.A.M. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Insights into the recognition of peroxisomal targeting signal 1 by Trypanosoma brucei peroxin 5.
著者: Sampathkumar, P. / Roach, C. / Michels, P.A. / Hol, W.G.
履歴
登録2008年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome targeting signal 1 receptor
B: T. brucei GAPDH PTS1 peptide Ac-DRDAAKL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,74324
ポリマ－37,3782
非ポリマー1,36522
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.619, 66.178, 51.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE BIOLOGICAL UNIT OF PROTEIN PEX5 IS MONOMER

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome targeting signal 1 receptor


分子量: 36545.844 Da / 分子数: 1 / 断片: Binding domain,UNP residues 332-655 / 変異: K378A/E379A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PEX5 / Plasmid details: Derivative pET28 / プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57W55, UniProt: Q9U7C3*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド T. brucei GAPDH PTS1 peptide Ac-DRDAAKL


分子量: 831.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P22512
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.3M Potassium acetate, 0.1M sodium citrate monohydrate, pH 4.8 - 5.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298KK
PH範囲: 4.8 - 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月7日 / 詳細: Osmic VariMax optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.19 Å / Num. all: 19925 / Num. obs: 19415 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.48 % / Biso Wilson estimate: 24.79 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.32 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1538 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 81.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7Lデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
StructureStudioデータ収集
d*TREKデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1FCH

1fch


解像度: 2→40.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 4.975 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.203
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 983 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.196 19411 97.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.734 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2375 0 88 112 2575
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212495
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.9643361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97634053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2255315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.44624.344122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.71715373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.751518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.21802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9451.51975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1691.5613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09522441
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it231090
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9164.5913
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 62 -
Rwork0.249 1112 -
all-1174 -
obs--79.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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