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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cr7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of N-terminal truncation of APS Kinase from Penicillium chrysogenum: Ternary structure with ADP and PAPS | ||||||
![]() | Adenylyl-sulfate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / APS kinase / Adenylylsulfate kinase / sulfate metabolism / Nucleotide 2 kinase / Amino-acid biosynthesis / ATP-binding / Cysteine biosynthesis / Methionine biosynthesis / Nucleotide-binding / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate biosynthetic process / adenylyl-sulfate kinase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gay, S.C. / Segel, I.H. / Fisher, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Truncated APS kinase from Pencillium chrysogenum: Insight into the function of the N-terminal helix 著者: Gay, S.C. / Segel, I.H. / Fisher, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 168 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1m7gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22354.123 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 23-211 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: bis tris, PEG 3350, ammonium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月29日 / 詳細: Double-crystal monochromator |
放射 | モノクロメーター: Double Si(111) crystal, paralell / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9194 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→31.718 Å / Num. all: 31582 / Num. obs: 31427 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. measured all: 8337 / Num. unique all: 2290 / Rsym value: 0.486 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: poly alanine model of pdb entry 1M7G A chain 解像度: 2.5→31.715 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 0 Å2 / Biso mean: 37.49 Å2 / Biso min: 391.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→31.715 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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