[日本語] English
万見
- PDB-3cqr: Crystal Structure of the Lipocalin domain of Violaxanthin de-epox... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cqr
タイトルCrystal Structure of the Lipocalin domain of Violaxanthin de-epoxidase (VDE) at pH5
要素Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast
キーワードOXIDOREDUCTASE / Lipocalin / Enzyme / de-epoxidase / Xanthophyll cycle / non photochemical quenching / NPQ / Violaxanthin / Antheraxanthin / Zeaxanthin / Chloroplast / Membrane / Thylakoid / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


violaxanthin de-epoxidase / xanthophyll cycle / violaxanthin de-epoxidase activity / thylakoid lumen / chlorophyll metabolic process / chloroplast thylakoid / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / fatty acid metabolic process / response to heat ...violaxanthin de-epoxidase / xanthophyll cycle / violaxanthin de-epoxidase activity / thylakoid lumen / chlorophyll metabolic process / chloroplast thylakoid / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / fatty acid metabolic process / response to heat / protein domain specific binding / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
VDE lipocalin domain / Violaxanthin de-epoxidase / VDE lipocalin domain / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ATOM / Violaxanthin de-epoxidase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Arnoux, P. / Morosinotto, T. / Pignol, D.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2009
タイトル: A structural basis for the pH-dependent xanthophyll cycle in Arabidopsis thaliana.
著者: Arnoux, P. / Morosinotto, T. / Saga, G. / Bassi, R. / Pignol, D.
履歴
登録2008年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月26日Group: Database references

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast
B: Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1595
ポリマ－42,6872
非ポリマー4723
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-28.6 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
2
A: Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast
ヘテロ分子

B: Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1595
ポリマ－42,6872
非ポリマー4723
水362
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_555-x+1/2,y,-z+3/41
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-33.6 kcal/mol
Surface area16610 Å2
手法PISA
3
A: Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast
B: Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast
ヘテロ分子

A: Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast
B: Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,31710
ポリマ－85,3744
非ポリマー9446
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x+1/2,y,-z+3/41
Buried area15760 Å2
ΔGint-118.8 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.297, 122.297, 158.337
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-437-

HOH

21B-496-

HOH

31B-513-

HOH

詳細biological unit is a monomer at pH7 and a dimer at pH5. There is one biological unit in the asymmetric unit at pH5 (chains A, B)

-
要素

#1: タンパク質 Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast / Protein NON-PHOTOCHEMICAL QUENCHING 1 / AtVxDE


分子量: 21343.457 Da / 分子数: 2 / 断片: Lipocalin Domain (UNP residues 191-366) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: VDE1, AVDE1, NPQ1, VXDE / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q39249, EC: 1.10.99.3
#2: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム


分子量: 157.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: Sodium Acetate trihydrate pH5, Ammonium Sulfate 2.0M, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 39345 / Num. obs: 39345 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 5796 / Rsym value: 0.267 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化解像度: 2→29.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 2.965 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1996 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.209 39865 --
obs0.209 37869 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.205 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2773 0 3 178 2954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7971.9243941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6095345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.54424.304158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.88415433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8711515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.180.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21151
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21928
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2610.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3281.51758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21522791
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.41231317
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1524.51150
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 135 -
Rwork0.229 2645 -
all-2780 -
obs--99.78 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る