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万見
- PDB-1obq: Apocrustacyanin C1 crystals grown in space and earth using vapour... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1obq
タイトルApocrustacyanin C1 crystals grown in space and earth using vapour diffusion geometry
要素CRUSTACYANIN C1 SUBUNIT
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LIPOCALIN / ANTIPARALLEL BETA-STRANDS / PIGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


pigment binding / response to reactive oxygen species / lipid metabolic process / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Invertebrate colouration protein / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Crustacyanin-C1 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種HOMARUS GAMMARUS (ウミザリガニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Habash, J. / Boggon, T.J. / Raftery, J. / Chayen, N.E. / Zagalsky, P.F. / Helliwell, J.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Apocrustacyanin C(1) Crystals Grown in Space and on Earth Using Vapour-Diffusion Geometry: Protein Structure Refinements and Electron-Density Map Comparisons
著者: Habash, J. / Boggon, T.J. / Raftery, J. / Chayen, N.E. / Zagalsky, P.F. / Helliwell, J.R.
履歴
登録2003年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRUSTACYANIN C1 SUBUNIT
B: CRUSTACYANIN C1 SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3762
ポリマ－41,3762
非ポリマー00
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)41.959, 80.539, 110.649
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CRUSTACYANIN C1 SUBUNIT


分子量: 20688.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMARUS GAMMARUS (ウミザリガニ) / 参照: UniProt: P80029
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BINDS A CAROTENOID ASTAXANTHIN, WHICH PROVIDES THE BLUE CARAPACE COLORATION IN THE LOBSTER.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化pH: 9 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, pH 9.00
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Snell, E.H., (1997) Acta Crystallogr.,Sect.D, 53, 231.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1drop
31 mMEDTA1droppH7.0
45 %(v/v)MPD1reservoir
51 mMEDTA1reservoir
60.1 MTris-HCl1reservoirpH9.0
71.9 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.7513
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: BM14 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7513 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→64.55 Å / Num. obs: 28666 / % possible obs: 86.9 %
反射
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 64.55 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.85→64.55 Å / SU B: 4 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.139
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1450 5.1 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.171 27216 86.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→64.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2913 0 0 156 3069
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_deg5.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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