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- PDB-6n04: The X-ray crystal structure of AbsH3, an FAD dependent reductase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n04
タイトルThe X-ray crystal structure of AbsH3, an FAD dependent reductase from the Abyssomicin biosynthesis pathway in Streptomyces
要素AbsH3
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Oxidoreductase / Biosynthesis / Abyssomicin / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / FAD binding / monooxygenase activity / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent monooxygenase TetX / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Flavin-dependent monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. LC-6-2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Clinger, J.A. / Wang, X. / Cai, W. / Miller, M.D. / Van Lanen, S.G. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 CA217255-01A1 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM115261-02 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: The crystal structure of AbsH3: A putative flavin adenine dinucleotide-dependent reductase in the abyssomicin biosynthesis pathway.
著者: Clinger, J.A. / Wang, X. / Cai, W. / Zhu, Y. / Miller, M.D. / Zhan, C.G. / Van Lanen, S.G. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2018年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AbsH3
B: AbsH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8236
ポリマ－92,1812
非ポリマー1,6424
水15,763875
1
A: AbsH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9123
ポリマ－46,0911
非ポリマー8212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AbsH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9123
ポリマ－46,0911
非ポリマー8212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.316, 109.491, 143.637
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 39 through 76 or resid 80...
21(chain B and (resid 39 through 104 or resid 111...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 39 through 76 or resid 80...A39 - 76
121(chain A and (resid 39 through 76 or resid 80...A80 - 121
131(chain A and (resid 39 through 76 or resid 80...A123 - 154
141(chain A and (resid 39 through 76 or resid 80...A156 - 227
151(chain A and (resid 39 through 76 or resid 80...A229 - 238
161(chain A and (resid 39 through 76 or resid 80...A240 - 312
171(chain A and (resid 39 through 76 or resid 80...A314 - 322
181(chain A and (resid 39 through 76 or resid 80...A324 - 3395
191(chain A and (resid 39 through 76 or resid 80...A397395
1101(chain A and (resid 39 through 76 or resid 80...A397 - 417
1111(chain A and (resid 39 through 76 or resid 80...A500
211(chain B and (resid 39 through 104 or resid 111...B39 - 104
221(chain B and (resid 39 through 104 or resid 111...B111 - 121
231(chain B and (resid 39 through 104 or resid 111...B123 - 154
241(chain B and (resid 39 through 104 or resid 111...B156 - 227
251(chain B and (resid 39 through 104 or resid 111...B229 - 238
261(chain B and (resid 39 through 104 or resid 111...B240 - 312
271(chain B and (resid 39 through 104 or resid 111...B314 - 322
281(chain B and (resid 39 through 104 or resid 111...B324 - 388
291(chain B and (resid 39 through 104 or resid 111...B390 - 395
2101(chain B and (resid 39 through 104 or resid 111...B397 - 417
2111(chain B and (resid 39 through 104 or resid 111...B500

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要素

#1: タンパク質 AbsH3


分子量: 46090.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. LC-6-2 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V0QH64
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1:1 10mg/mL AbsH3, 200mM sodium chrloide, 20mM HEPES pH 7.5 and 22% PEG3350, 20mM Magnesium chloride, 100mM HEPES pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→38.195 Å / Num. obs: 53265 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 7.13 % / Biso Wilson estimate: 36.506 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 12.07
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.998-2.126.9760.9332.1990820.7511.00898.4
2.12-2.277.1870.6822.9956030.8730.73564.7
2.27-2.457.2370.4884.3868030.9360.52683.9
2.45-2.687.4070.2887.3174800.9710.3199.9
2.68-2.997.3750.18411.2167940.9860.198100
2.99-3.457.2130.10718.2660030.9940.11599.9
3.45-4.236.6510.07625.4251280.9950.08399.3
4.23-5.957.0530.05431.9340420.9980.05899.9
5.95-38.1956.650.03632.9323300.9990.03997.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.49 Å47.94 Å
Translation7.49 Å47.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.14_3260)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V3N

3v3n


解像度: 1.998→38.195 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2365 2023 3.8 %
Rwork0.1832 --
obs0.1852 53222 91.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.06 Å2 / Biso mean: 34.7097 Å2 / Biso min: 14.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.998→38.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5465 0 108 891 6464
Biso mean--25.7 42.99 -
残基数----731
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3248X-RAY DIFFRACTION7.791TORSIONAL
12B3248X-RAY DIFFRACTION7.791TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9982-2.04810.31881480.27973778392696
2.0481-2.10350.28371550.24839104065100
2.1035-2.16540.26571540.231839014055100
2.1654-2.23530.3391000.25332516261697
2.2353-2.31520.3053470.24841168121593
2.3152-2.40790.28231530.230139114064100
2.4079-2.51740.26781560.213839474103100
2.5174-2.65010.24021560.200339554111100
2.6501-2.81610.26321570.198739684125100
2.8161-3.03350.26591560.197439524108100
3.0335-3.33860.24331560.179840014157100
3.3386-3.82130.23581590.16273982414199
3.8213-4.81290.16711610.138340374198100
4.8129-38.20240.22151650.16074173433899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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