PDB-3cpx: Crystal structure of putative M42 glutamyl aminopeptidase (YP_676...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cpx

タイトル

Crystal structure of putative M42 glutamyl aminopeptidase (YP_676701.1) from Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 at 2.39 A resolution

要素

Aminopeptidase, M42 family

キーワード

HYDROLASE / YP_676701.1 / Putative M42 Glutamyl Aminopeptidase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

aminopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative M42 glutamyl aminopeptidase (YP_676701.1) from Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 at 2.39 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cpx.cif.gz	206 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cpx.ent.gz	163.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cpx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/3cpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/3cpx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3eh2-1 6kg3-1 6b9l-d 5ip3-d 5dtl-1 5dtl-2 4pbq-d 1dzx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 375102

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminopeptidase, M42 family

B: Aminopeptidase, M42 family

C: Aminopeptidase, M42 family

ヘテロ分子

112 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.840, 83.840, 682.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	GLY	GLY	2	A	A	-5 - 0	14 - 19
2	1	ASN	ASN	GLY	GLY	2	B	B	-5 - 0	14 - 19
3	1	ASN	ASN	GLY	GLY	2	C	C	-5 - 0	14 - 19
4	2	MSE	MSE	MSE	MSE	5	A	A	1	20
5	2	MSE	MSE	MSE	MSE	5	B	B	1	20
6	2	MSE	MSE	MSE	MSE	5	C	C	1	20
7	3	GLN	GLN	SER	SER	2	A	A	2 - 36	21 - 55
8	3	GLN	GLN	SER	SER	2	B	B	2 - 36	21 - 55
9	3	GLN	GLN	SER	SER	2	C	C	2 - 36	21 - 55
10	4	TYR	TYR	TYR	TYR	5	A	A	37	56
11	4	TYR	TYR	TYR	TYR	5	B	B	37	56
12	4	TYR	TYR	TYR	TYR	5	C	C	37	56
13	5	GLN	GLN	ALA	ALA	1	A	A	38 - 43	57 - 62
14	5	GLN	GLN	ALA	ALA	1	B	B	38 - 43	57 - 62
15	5	GLN	GLN	ALA	ALA	1	C	C	38 - 43	57 - 62
16	6	ASP	ASP	ASN	ASN	6	A	A	44 - 45	63 - 64
17	6	ASP	ASP	ASN	ASN	6	B	B	44 - 45	63 - 64
18	6	ASP	ASP	ASN	ASN	6	C	C	44 - 45	63 - 64
19	7	ASP	ASP	ARG	ARG	1	A	A	46 - 119	65 - 138
20	7	ASP	ASP	ARG	ARG	1	B	B	46 - 119	65 - 138
21	7	ASP	ASP	ARG	ARG	1	C	C	46 - 119	65 - 138
22	8	LEU	LEU	PRO	PRO	2	A	A	120 - 143	139 - 162
23	8	LEU	LEU	PRO	PRO	2	B	B	120 - 143	139 - 162
24	8	LEU	LEU	PRO	PRO	2	C	C	120 - 143	139 - 162
25	9	TYR	TYR	TYR	TYR	5	A	A	144	163
26	9	TYR	TYR	TYR	TYR	5	B	B	144	163
27	9	TYR	TYR	TYR	TYR	5	C	C	144	163
28	10	LEU	LEU	PHE	PHE	2	A	A	145 - 190	164 - 209
29	10	LEU	LEU	PHE	PHE	2	B	B	145 - 190	164 - 209
30	10	LEU	LEU	PHE	PHE	2	C	C	145 - 190	164 - 209
31	11	HIS	HIS	HIS	HIS	5	A	A	191	210
32	11	HIS	HIS	HIS	HIS	5	B	B	191	210
33	11	HIS	HIS	HIS	HIS	5	C	C	191	210
34	12	VAL	VAL	ASN	ASN	1	A	A	192 - 229	211 - 248
35	12	VAL	VAL	ASN	ASN	1	B	B	192 - 229	211 - 248
36	12	VAL	VAL	ASN	ASN	1	C	C	192 - 229	211 - 248
37	13	ARG	ARG	GLU	GLU	5	A	A	230 - 233	249 - 252
38	13	ARG	ARG	GLU	GLU	5	B	B	230 - 233	249 - 252
39	13	ARG	ARG	GLU	GLU	5	C	C	230 - 233	249 - 252
40	14	LEU	LEU	LEU	LEU	2	A	A	234 - 302	253 - 321
41	14	LEU	LEU	LEU	LEU	2	B	B	234 - 302	253 - 321
42	14	LEU	LEU	LEU	LEU	2	C	C	234 - 302	253 - 321

詳細

SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TRIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

#1: タンパク質	Aminopeptidase, M42 family 分子量: 37006.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 (バクテリア) 生物種: Cytophaga hutchinsonii / 株: NCIMB 9469 / 遺伝子: YP_676701.1, frvX, CHU_0067 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q11Z05, UniProt: A0A6N4SM89*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.55 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: NANODROP, 1.0M LiCl, 10.0% PEG 6000, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97859 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月1日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97859 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.39→29.656 Å / Num. obs: 52024 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.98 % / B_iso Wilson estimate: 58.48 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16.87

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all	R_sym value
2.39-2.6	0.616	2.27	52703	16895	73.5
2.6-3	0.248	6.3	101186	24886	86.3	0.285
3-4	0.063	19.8	135459	29190	94.1	0.071
4-6	0.038	34.8	89069	15929	99.8	0.042
6-10	0.033	37.2	29063	5172	99	0.036
10-29.656	0.029	40.9	7878	1389	94.9	0.032

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0067	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
XDS		データ削減
SOLVE		位相決定
PHENIX		位相決定
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.39→29.656 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 12.494 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.224
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	2650	5.1 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.189	51910	89.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.947 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.4 Å²	1.7 Å²	0 Å²
2-	-	3.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→29.656 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7333	0	55	322	7710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	7581
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	5069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.818	1.948	10293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.589	3	12309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.216	5	932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.862	24.132	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.26	15	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.584	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	8519
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.776	2	4621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.206	2	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.287	3	7443
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.915	2	2960
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.369	3	2847

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2521	TIGHT POSITIONAL	0.16	0.05
2	B	2521	TIGHT POSITIONAL	0.22	0.05
3	C	2521	TIGHT POSITIONAL	0.19	0.05
1	A	1379	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
2	B	1379	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
3	C	1379	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
1	A	101	LOOSE POSITIONAL	0.66	5
2	B	101	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
3	C	101	LOOSE POSITIONAL	0.64	5
1	A	2521	TIGHT THERMAL	0.53	0.5
2	B	2521	TIGHT THERMAL	0.58	0.5
3	C	2521	TIGHT THERMAL	0.56	0.5
1	A	1379	MEDIUM THERMAL	0.51	2
2	B	1379	MEDIUM THERMAL	0.59	2
3	C	1379	MEDIUM THERMAL	0.57	2
1	A	101	LOOSE THERMAL	0.76	10
2	B	101	LOOSE THERMAL	0.9	10
3	C	101	LOOSE THERMAL	0.42	10

LS精密化シェル

解像度: 2.39→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.408	153	-
R_work	0.385	2839	-
all	-	2992	-
obs	-	-	71.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.175	0.0855	-0.3048	1.8133	-0.8032	3.4087	0.0093	-0.0351	-0.132	-0.2132	-0.0916	-0.3551	0.5179	0.769	0.0823	-0.0849	0.1243	0.0192	-0.1857	0.02	-0.0346	26.0615	32.6107	306.9346
2	1.4615	-0.1747	0.0495	1.2999	-0.6792	3.1489	0.1084	-0.2152	0.164	0.3093	0.0765	0.0126	-0.568	-0.216	-0.185	0.0097	0.0036	0.0982	-0.3269	0.0089	-0.0883	5.7772	51.108	329.2829
3	1.2397	0.1746	-0.5875	1.7757	0.0051	3.3617	0.0542	0.1036	0.2932	0.04	0.1625	0.0273	-0.9272	0.0938	-0.2167	0.1247	-0.073	0.0712	-0.3443	0.0917	-0.0194	14.196	64.5883	297.5316

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 302	19 - 321
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 302	19 - 321
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	0 - 302	19 - 321

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)