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- PDB-5ip3: Tomato spotted wilt tospovirus nucleocapsid protein-ssDNA complex -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ip3 | |||||||||
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Title | Tomato spotted wilt tospovirus nucleocapsid protein-ssDNA complex | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Viral protein/DNA / Viral protein / nucleocapsid protein / Bunyavirus / Tospovirus / Viral protein-DNA complex | |||||||||
Function / homology | Tospovirus nucleocapsid protein / Tospovirus nucleocapsid protein / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding / DNA / Nucleoprotein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Komoda, K. / Narita, M. / Yamashita, K. / Tanaka, I. / Yao, M. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Asymmetric Trimeric Ring Structure of the Nucleocapsid Protein of Tospovirus. Authors: Komoda, K. / Narita, M. / Yamashita, K. / Tanaka, I. / Yao, M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 257 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 479.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ip1C ![]() 5ip2C ![]() 4ybw ![]() 4ybx S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 31502.514 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | | Mass: 1476.007 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | | Mass: 2084.392 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: DNA chain | | Mass: 1780.199 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.83 Å3/Da / Density % sol: 32.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES pH7.5, 25% (w/v) PEG1000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jan 25, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→47 Å / Num. obs: 14540 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.58 % / Biso Wilson estimate: 99.92 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 17.11 / Num. measured all: 110284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4YBW ![]() 4ybw Resolution: 3→37.753 Å / FOM work R set: 0.7153 / SU ML: 0.49 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 34.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 185.56 Å2 / Biso mean: 105.19 Å2 / Biso min: 61.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→37.753 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Resolution: 3→3.134 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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