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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cpo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ketosteroid isomerase D40N with bound 2-fluorophenol | ||||||
![]() | Delta(5)-3-ketosteroid isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / ENZYME / ACTIVE SITE / HYDROGEN BOND / GEOMETRY / Lipid metabolism / Steroid metabolism | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Caaveiro, J.M.M. / Pybus, B. / Ringe, D. / Petsko, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Testing geometrical discrimination within an enzyme active site: constrained hydrogen bonding in the ketosteroid isomerase oxyanion hole 著者: Sigala, P.A. / Kraut, D.A. / Caaveiro, J.M.M. / Pybus, B. / Ruben, E.A. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Herschlag, D. #1: ![]() タイトル: Testing electrostatic complementarity in enzyme catalysis: hydrogen bonding in the ketosteroid isomerase oxyanion hole 著者: Kraut, D.A. / Sigala, P.A. / Pybus, B. / Liu, C.W. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Herschlag, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14547.515 Da / 分子数: 1 / 変異: D40N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FP2 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: AMMONIUM SULPHATE 1.4 M, 2-PROPANOL 5-7%, PROTEIN CONCENTRATION 25 MG/ML, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97952 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.24→50 Å / Num. all: 33296 / Num. obs: 33296 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.24→1.28 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2335 / Χ2: 1.006 / % possible all: 67.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2INX 解像度: 1.24→36.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.591 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.999 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.24→36.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.24→1.274 Å / Total num. of bins used: 20
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