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- PDB-3cl5: Structure of coronavirus hemagglutinin-esterase in complex with 4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cl5
タイトルStructure of coronavirus hemagglutinin-esterase in complex with 4,9-O-diacetyl sialic acid
要素Hemagglutinin-esterase
キーワードHYDROLASE / SGNH-hydrolase fold / Swiss roll / Envelope protein / Glycoprotein / Hemagglutinin / Membrane / Transmembrane / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immune system process / sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / signaling receptor binding / viral envelope ...negative regulation of immune system process / sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / signaling receptor binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin-esterase / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, haemagglutinin domain / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, core / Hemagglutinin domain of haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein / Hemagglutinin esterase / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / Chem-SIO / Hemagglutinin-esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine coronavirus (ウシコロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zeng, Q.H. / Langereis, M.A. / van Vliet, A.L.W. / Huizinga, E.G. / de Groot, R.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structure of coronavirus hemagglutinin-esterase offers insight into corona and influenza virus evolution.
著者: Zeng, Q. / Langereis, M.A. / van Vliet, A.L. / Huizinga, E.G. / de Groot, R.J.
履歴
登録2008年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,66710
ポリマ－42,6301
非ポリマー2,0379
水5,062281
1
A: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,33420
ポリマ－85,2602
非ポリマー4,07418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area6730 Å2
ΔGint39.1 kcal/mol
Surface area28680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.240, 89.240, 280.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hemagglutinin-esterase / HE protein / E3 glycoprotein


分子量: 42630.230 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 19-388 / 変異: S40A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HEK293S cell line
由来: (組換発現) Bovine coronavirus (ウシコロナウイルス)
株: Mebus / 遺伝子: HE / プラスミド: S1-Ig / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15776, sialate O-acetylesterase

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糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-SIO / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-galacto-non-2-ulosidonic acid


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 407.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H25NO11

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非ポリマー , 3種, 283分子

#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.04 M KH2PO4, 16% (w/v) PEG 8000, 20% (w/v) glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→77.4 Å / Num. all: 60345 / Num. obs: 60283 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 7667 / % possible all: 86.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0067精密化
DNAデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: wild-type structure of Hemagglutinin-esterase

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.463 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1883 3043 5.1 %RANDOM
Rwork0.17031 ---
obs0.1712 57018 96.05 %-
all-57018 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.046 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.14 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2860 0 131 281 3272
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223086
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3341.9744217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2823.0054776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7545357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.99424.211152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.66515424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9251511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6251.51784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1641.5723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13422883
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.85831302
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9744.51334
LS精密化 シェル解像度: 1.797→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 197 -
Rwork0.237 3250 -
obs--76.7 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.4113 Å / Origin y: 33.4158 Å / Origin z: 12.5268 Å
111213212223313233
T-0.0348 Å2-0.0087 Å2-0.0106 Å2--0.022 Å2-0.0268 Å2---0.0455 Å2
L0.7643 °2-0.1215 °20.1801 °2-0.3569 °20.0688 °2--0.5919 °2
S0 Å °0.0312 Å °-0.0714 Å °-0.0298 Å °0.0127 Å °0.0263 Å °0.1292 Å °-0.0626 Å °-0.0127 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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