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万見
- PDB-3cl3: Crystal Structure of a vFLIP-IKKgamma complex: Insights into vira... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cl3
タイトルCrystal Structure of a vFLIP-IKKgamma complex: Insights into viral activation of the IKK signalosome
要素
  • NF-kappa-B essential modulator
  • ORF K13
キーワードviral protein/signaling protein / Death effector domain / coiled-coil / Coiled coil / Cytoplasm / Disease mutation / Ectodermal dysplasia / Host-virus interaction / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / viral protein-signaling protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / IkappaB kinase complex / establishment of vesicle localization / linear polyubiquitin binding / transferrin receptor binding / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / IkBA variant leads to EDA-ID / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 ...IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / IkappaB kinase complex / establishment of vesicle localization / linear polyubiquitin binding / transferrin receptor binding / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / IkBA variant leads to EDA-ID / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / SUMOylation of immune response proteins / anoikis / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of macroautophagy / polyubiquitin modification-dependent protein binding / signaling adaptor activity / canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin ligase complex / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Activation of NF-kappaB in B cells / Regulation of TNFR1 signaling / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / response to virus / PKR-mediated signaling / mitotic spindle / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / spindle pole / Interleukin-1 signaling / Ovarian tumor domain proteases / Downstream TCR signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Ub-specific processing proteases / defense response to bacterium / inflammatory response / immune response / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cysteine-type endopeptidase activity / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / DNA damage response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
L1 transposable element, trimerization domain / Peptidase C14 family / C2H2 type zinc-finger / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / NF-kappa-B essential modulator NEMO / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / Death effector domain ...L1 transposable element, trimerization domain / Peptidase C14 family / C2H2 type zinc-finger / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / NF-kappa-B essential modulator NEMO / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ORF K13 / FLICE inhibitory protein / NF-kappa-B essential modulator
類似検索 - 構成要素
生物種Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bagneris, C. / Ageichik, A.V. / Cronin, N. / Boshoff, C. / Waksman, G. / Barrett, T.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a vFlip-IKKgamma complex: insights into viral activation of the IKK signalosome.
著者: Bagneris, C. / Ageichik, A.V. / Cronin, N. / Wallace, B. / Collins, M. / Boshoff, C. / Waksman, G. / Barrett, T.
履歴
登録2008年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF K13
B: ORF K13
D: NF-kappa-B essential modulator
E: NF-kappa-B essential modulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8474
ポリマ－70,8474
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-40.4 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.670, 145.670, 101.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 ORF K13 / ks-vFLIP


分子量: 20670.133 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-178 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Derived from pET44b(+) (Novogen)
由来: (組換発現) Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: vFLIP / プラスミド: pETM442 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P88961, UniProt: Q76RF1*PLUS
#2: タンパク質 NF-kappa-B essential modulator / NEMO / NF-kappa-B essential modifier / Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit gamma / ...NEMO / NF-kappa-B essential modifier / Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit gamma / IkB kinase subunit gamma / I-kappa-B kinase gamma / IKK-gamma / IKKG / IkB kinase-associated protein 1 / IKKAP1 / FIP-3


分子量: 14753.303 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 150-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Derived from pET44b(+) (Novogen) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKBKG, FIP3, NEMO / プラスミド: pETM6T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9Y6K9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 225mM Tris pH 7.5, 4% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月15日 / 詳細: Wiggler
放射モノクロメーター: Channel cut ESRF monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→125 Å / Num. all: 20877 / Num. obs: 20877 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 93.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1530 / Rsym value: 0.543 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used a maximum likelihood target
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2873 1065 -Random
Rwork0.2608 ---
all-20830 --
obs-20830 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.6 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.62 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3477 0 0 0 3477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.010003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28824
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.436
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.564
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.25 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 55 -
Rwork0.36 --
obs-920 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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