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- PDB-3cjw: Crystal structure of the human COUP-TFII ligand binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cjw
タイトルCrystal structure of the human COUP-TFII ligand binding domain
要素COUP transcription factor 2
キーワードTRANSCRIPTION / COUP-TFII / nuclear receptor / ligand binding domain / orphan receptor / three-layered helical sandwich / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


radial pattern formation / lymphatic endothelial cell fate commitment / interneuron migration / trophoblast giant cell differentiation / maternal placenta development / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / placenta blood vessel development / retinoic acid binding / fertilization / blood vessel morphogenesis ...radial pattern formation / lymphatic endothelial cell fate commitment / interneuron migration / trophoblast giant cell differentiation / maternal placenta development / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / placenta blood vessel development / retinoic acid binding / fertilization / blood vessel morphogenesis / negative regulation of endothelial cell migration / anterior/posterior pattern specification / female gonad development / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of systemic arterial blood pressure / skeletal muscle tissue development / forebrain development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / nuclear receptor activity / nervous system development / response to estradiol / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COUP transcription factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Kruse, S.W. / Reynolds, R. / Vonrhein, C. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2008
タイトル: Identification of COUP-TFII Orphan Nuclear Receptor as a Retinoic Acid-Activated Receptor.
著者: Kruse, S.W. / Suino-Powell, K. / Zhou, X.E. / Kretschman, J.E. / Reynolds, R. / Vonrhein, C. / Xu, Y. / Wang, L. / Tsai, S.Y. / Tsai, M.J. / Xu, H.E.
履歴
登録2008年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年5月6日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COUP transcription factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3121
ポリマ－27,3121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: COUP transcription factor 2

A: COUP transcription factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6232
ポリマ－54,6232
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area1850 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.854, 47.762, 43.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.870, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 COUP transcription factor 2 / COUP-TF2 / COUP-TF II / Nuclear receptor subfamily 2 group F member 2 / Apolipoprotein AI ...COUP-TF2 / COUP-TF II / Nuclear receptor subfamily 2 group F member 2 / Apolipoprotein AI regulatory protein 1 / ARP-1


分子量: 27311.561 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain, residues 173-412 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR2F2, ARP1, TFCOUP2 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P24468

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.5M Imidazole, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.7, 1.0, 1.4, 1.8
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.71
211
31.41
41.81
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 32718

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化解像度: 1.48→6 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 1919 -
Rwork0.1684 --
obs-29483 7.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 34.493 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 0 0 0 1636

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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