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- PDB-3cji: Structure of Seneca Valley Virus-001 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cji
タイトルStructure of Seneca Valley Virus-001
要素(Polyprotein) x 4
キーワードVIRUS / virus capsid protein structure / ATP-binding / Cytoplasm / Cytoplasmic vesicle / Helicase / Hydrolase / Membrane / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / Phosphoprotein / Protease / RNA replication / RNA-binding / RNA-directed RNA polymerase / Thiol protease / Transferase / Virion / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / host cell nucleolus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / host cell nucleolus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / RNA helicase activity / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein ...Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Seneca valley virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Venkataraman, S. / Reddy, V.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structure of Seneca Valley Virus-001: an oncolytic picornavirus representing a new genus
著者: Venkataraman, S. / Reddy, S.P. / Loo, J. / Idamakanti, N. / Hallenbeck, P.L. / Reddy, V.S.
履歴
登録2008年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polyprotein
B: Polyprotein
C: Polyprotein
D: Polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7515
ポリマ－94,7114
非ポリマー401
水4,810267
1
A: Polyprotein
B: Polyprotein
C: Polyprotein
D: Polyprotein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,685,057300
ポリマ－5,682,653240
非ポリマー2,40560
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Polyprotein
B: Polyprotein
C: Polyprotein
D: Polyprotein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 474 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)473,75525
ポリマ－473,55420
非ポリマー2005
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Polyprotein
B: Polyprotein
C: Polyprotein
D: Polyprotein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 569 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)568,50630
ポリマ－568,26524
非ポリマー2406
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Polyprotein
B: Polyprotein
C: Polyprotein
D: Polyprotein
ヘテロ分子
x 20
A: Polyprotein
B: Polyprotein
C: Polyprotein
D: Polyprotein
ヘテロ分子
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.79 MDa, 160 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,790,038200
ポリマ－3,788,435160
非ポリマー1,60340
水2,882160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z3
point symmetry operation38
transform to crystal frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)311.510, 311.510, 1526.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.792592, 0.476001, -0.381082), (0.119087, 0.492103, 0.862365), (0.598021, -0.728868, 0.333345)
3generate(0.456987, 0.889276, -0.018587), (0.668695, -0.329701, 0.666453), (0.586534, -0.316982, -0.745325)
4generate(0.456986, 0.668683, 0.58653), (0.889293, -0.329701, -0.316989), (-0.018584, 0.666445, -0.745324)
5generate(0.79259, 0.119086, 0.598018), (0.476011, 0.492104, -0.72888), (-0.381082, 0.862352, 0.333346)
6generate(-0.036013, 0.923704, 0.381404), (0.346634, 0.369502, -0.862167), (-0.937315, 0.101161, -0.333489)
7generate(0.309538, 0.15942, 0.937431), (-0.196851, 0.975238, -0.100848), (-0.930288, -0.153313, 0.333263)
8generate(0.824924, -0.45747, 0.332008), (-0.100199, 0.459716, 0.882406), (-0.556297, -0.761165, 0.3334)
9generate(0.797891, -0.074442, -0.598191), (0.503028, -0.464623, 0.728774), (-0.33218, -0.882373, -0.333269)
10generate(0.265803, 0.779165, -0.567663), (0.77918, -0.520376, -0.349432), (-0.567658, -0.349422, -0.745427)
11generate(-0.450634, -0.8927, -0.000326), (-0.892717, 0.450634, 0.000529), (-0.000325, 0.000528, -1)
12generate(-0.463673, -0.653566, -0.598213), (-0.653579, -0.203562, 0.728986), (-0.598216, 0.728973, -0.332765)
13generate(-0.803069, -0.10631, -0.586324), (-0.106313, -0.942614, 0.316525), (-0.58633, 0.316519, 0.745683)
14generate(-0.9998, -0.007224, 0.018909), (-0.007223, -0.745167, -0.666846), (0.018905, -0.666836, 0.744966)
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18generate(-0.28211, -0.20399, -0.937447), (-0.781871, 0.615152, 0.101429), (0.555976, 0.761556, -0.333041)
19generate(-0.808502, 0.448602, -0.380903), (-0.485786, -0.143386, 0.862249), (0.332186, 0.882151, 0.333848)
20generate(-0.815169, 0.113536, 0.567989), (0.113537, -0.930258, 0.348902), (0.567983, 0.348894, 0.745427)
21generate(-0.450193, -0.892922, -0.000404), (0.892928, -0.450199, -0.000696), (0.000438, -0.00067, 1.000002)179.67, 253.383
22generate(-0.463396, -0.653408, -0.598598), (0.653699, 0.203997, -0.728746), (0.59829, -0.728991, 0.332601)179.67, 253.383
23generate(-0.803061, -0.10582, -0.586422), (0.106603, 0.942711, -0.316115), (0.586288, -0.316373, -0.745781)179.67, 253.383
24generate(-0.999794, -0.006908, 0.019296), (0.007709, 0.745053, 0.666955), (-0.01898, 0.66696, -0.744857)179.67, 253.383
25generate(-0.781706, -0.49337, 0.381475), (0.493691, -0.115809, 0.861896), (-0.381055, 0.862076, 0.334097)179.67, 253.383
26generate(-0.292927, -0.745822, 0.598277), (-0.187559, 0.658382, 0.728944), (-0.937564, 0.101318, -0.332745)179.67, 253.383
27generate(0.036797, -0.94252, -0.332109), (0.365665, -0.296594, 0.882228), (-0.930022, -0.153896, 0.333742)179.67, 253.383
28generate(-0.281681, -0.204234, -0.937522), (0.782094, -0.614921, -0.10103), (-0.55587, -0.761675, 0.332955)179.67, 253.383
29generate(-0.808236, 0.448741, -0.381302), (0.486228, 0.143315, -0.862003), (-0.332168, -0.882096, -0.334019)179.67, 253.383
30generate(-0.815181, 0.114022, 0.567874), (-0.113048, 0.930254, -0.34905), (-0.568065, -0.348733, -0.745444)179.67, 253.383
31generate(0.999999, -0.000494, 7.8E-5), (-0.000483, -0.999992, 0.000166), (7.5E-5, -0.000165, -1.000002)179.67, 253.383
32generate(0.792579, 0.475701, -0.381482), (-0.119369, -0.492451, -0.862118), (-0.597982, 0.728825, -0.333516)179.67, 253.383
33generate(0.456702, 0.889414, -0.018974), (-0.668813, 0.329216, -0.666563), (-0.586611, 0.317105, 0.745216)179.67, 253.383
34generate(0.456545, 0.668897, 0.586628), (-0.88951, 0.329486, 0.316579), (0.018472, -0.666341, 0.745423)179.67, 253.383
35generate(0.792325, 0.11891, 0.598403), (-0.476454, -0.492014, 0.728641), (0.381064, -0.862426, -0.333182)179.67, 253.383
36generate(-0.036257, 0.923529, 0.381803), (-0.34677, -0.369928, 0.86192), (0.937257, -0.101152, 0.333661)179.67, 253.383
37generate(0.309563, 0.158927, 0.937505), (0.196545, -0.975333, 0.10045), (0.930346, 0.153164, -0.333177)179.67, 253.383
38generate(0.82493, -0.457755, 0.331598), (0.099707, -0.459618, -0.882504), (0.556377, 0.761056, -0.333521)179.67, 253.383
39generate(0.797616, -0.074281, -0.598576), (-0.503465, 0.464508, -0.728535), (0.332158, 0.882446, 0.333104)179.67, 253.383
40generate(0.265375, 0.779394, -0.567548), (-0.779397, 0.519937, 0.349579), (0.567551, 0.349567, 0.745444)179.67, 253.383

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Polyprotein


分子量: 29092.826 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 674-936 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Seneca valley virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q155Z9
#2: タンパク質 Polyprotein


分子量: 26492.084 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 151-434 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Seneca valley virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q155Z9
#3: タンパク質 Polyprotein


分子量: 31732.090 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 435-673 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Seneca valley virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q155Z9
#4: タンパク質 Polyprotein


分子量: 7393.875 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 80-150 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Seneca valley virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q155Z9

-
非ポリマー , 2種, 268分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 150 mM sodium citrate, 20-25% PEG 350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→92 Å / Num. all: 1968286 / Num. obs: 1968286 / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rsym value: 0.233 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Rsym value: 0.971

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2MEV

2mev


解像度: 2.3→88.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 125195906.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 98592 5 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs0.258 1968286 80.3 %-
all-1968286 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.7387 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---1.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→88.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6253 0 1 267 6521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 8993 4.9 %
Rwork0.377 173286 -
obs--44.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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