[日本語] English
万見
- PDB-3ci0: The Crystal Structure of the GspK-GspI-GspJ complex from enteroto... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ci0
タイトルThe Crystal Structure of the GspK-GspI-GspJ complex from enterotoxigenic Escherichia coli Type 2 Secretion System
要素
  • Pseudopilin GspI
  • Pseudopilin GspJ
  • Pseudopilin GspK
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GENERAL SECRETORY PATHWAY / PSEUDOPILUS / TYPE 4 PILIN BIOGENESIS / METHYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / protein secretion / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EpsJ-like / gspk-gspi-gspj complex like domains / Pili subunits / GSPII I/J protein-like / General secretion pathway protein K / GspK, central domain superfamily / : / : / Type II secretion system (T2SS), protein K / Type II secretion system (T2SS), protein K ...EpsJ-like / gspk-gspi-gspj complex like domains / Pili subunits / GSPII I/J protein-like / General secretion pathway protein K / GspK, central domain superfamily / : / : / Type II secretion system (T2SS), protein K / Type II secretion system (T2SS), protein K / Type II secretion system protein GspI, C-terminal / Type II secretion system protein GspI / Type II secretion system (T2SS), protein I / Type II secretion system protein GspJ / Type II secretion system (T2SS), protein J / GSPII I/J protein-like / : / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / Complement Module; domain 1 / Ribbon / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II secretion system protein J / Type II secretion system protein K / Type II secretion system protein K / Type II secretion system protein I / General secretion pathway protein GspJ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Korotkov, K.V. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of the GspK-GspI-GspJ complex from the enterotoxigenic Escherichia coli type 2 secretion system.
著者: Korotkov, K.V. / Hol, W.G.
履歴
登録2008年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
I: Pseudopilin GspI
J: Pseudopilin GspJ
K: Pseudopilin GspK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6407
ポリマ－62,4843
非ポリマー1564
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-41.7 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.118, 96.118, 108.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 IJK

#1: タンパク質 Pseudopilin GspI


分子量: 10101.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: H10407 / 遺伝子: gspI / プラスミド: pCDF-NT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VPC3
#2: タンパク質 Pseudopilin GspJ


分子量: 18686.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: H10407 / 遺伝子: gspJ / プラスミド: pCDF-22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VRM4, UniProt: A0A4C3GMC1*PLUS
#3: タンパク質 Pseudopilin GspK


分子量: 33696.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: H10407 / 遺伝子: gspK / プラスミド: pCDF-NT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7ZRI8, UniProt: Q8VLK7*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 194分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 25-30% PEG 3350, 0.1M NA ACETATE (PH 5.0), 0.1M CACL2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.54704 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54704 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→36.2 Å / Num. obs: 26464 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 46.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.2-2.3250.5371.40.5371100
2.32-2.467.10.36720.3671100
2.46-2.637.20.24630.2461100
2.63-2.847.20.1624.50.1621100
2.84-3.117.20.1116.30.1111100
3.11-3.487.20.088.10.081100
3.48-4.027.10.0748.30.0741100
4.02-4.927.10.0619.80.0611100
4.92-6.9670.05610.50.0561100
6.96-36.156.30.05310.70.053198.9

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→35.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 14.859 / SU ML: 0.193 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25942 1338 5.1 %RANDOM
Rwork0.19155 ---
obs0.19492 25040 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3 Å20 Å20 Å2
2---1.3 Å20 Å2
3---2.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4108 0 4 190 4302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2791.9545694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89636955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2465512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80923.518199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03515717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6811540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02855
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2825
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.23039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22268
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0320.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1410.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.210.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2390.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8221.52697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1531.51032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11124151
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03131779
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7184.51543
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 88 -
Rwork0.229 1809 -
obs--99.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5025-2.5595-1.24317.7616-1.70943.1074-0.1654-0.23930.00290.130.0885-0.66050.19060.55270.0769-0.24320.02630.0373-0.14120.0027-0.2285-15.6636.619-21.326
29.7462-2.2726-0.317817.4035-8.68884.5612-0.2704-0.77760.7489-0.35240.0313-1.30580.18611.03910.2391-0.34260.1326-0.034-0.172-0.0436-0.3083-10.84337.465-19.883
31.91080.3318-0.29174.2339-2.16232.10960.1051-0.37210.0710.57110.10810.2103-0.3591-0.2199-0.2132-0.15710.02890.0336-0.11650.0229-0.2188-38.00134.602-2.964
42.977-0.05650.2725.67-0.76032.0370.09710.0527-0.0133-0.15370.08870.1245-0.0347-0.1419-0.1857-0.20250.00350.0073-0.17560.0386-0.3052-33.19433.233-15.522
54.7678-7.4206-2.954327.24621.192811.83660.63130.75322.197-0.1549-1.2025-1.6179-1.76880.06760.5712-0.09090.0021-0.1009-0.16940.2610.3772-16.95939.558-7.329
65.40870.90480.77633.8835-1.08981.93640.1716-0.0912-0.73060.1994-0.2935-0.57180.04320.00590.1219-0.19250.0306-0.1321-0.28440.1144-0.0855-16.89114.4371.489
74.89730.02050.54664.7397-1.66553.31230.158-1.0633-0.47741.07850.23960.338-0.2342-0.2859-0.3976-0.1189-0.0180.06120.00180.2693-0.3476-39.20817.43315.787
85.65690.7232-1.08034.3994-3.85723.41780.0913-0.9185-1.03640.2379-0.1626-0.5609-0.03350.02770.0713-0.238-0.0488-0.2585-0.1460.25450.0235-19.7489.5817.786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1IA31 - 986 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2IA99 - 11474 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3JB39 - 13410 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4JB135 - 192106 - 163
5X-RAY DIFFRACTION5KC29 - 4511 - 27
6X-RAY DIFFRACTION6KC46 - 11328 - 95
7X-RAY DIFFRACTION7KC114 - 19196 - 173
8X-RAY DIFFRACTION8KC192 - 315174 - 297

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る