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万見
- PDB-3cg8: Laccase from Streptomyces coelicolor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cg8
タイトルLaccase from Streptomyces coelicolor
要素laccase
キーワードOXIDOREDUCTASE / two-domain laccase / multicopper blue protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence ...Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / OXYGEN ATOM / Copper oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.679 Å
データ登録者Skalova, T. / Dohnalek, J. / Ostergaard, L.H. / Ostergaard, P.R. / Kolenko, P. / Duskova, J. / Hasek, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Structure of the Small Laccase from Streptomyces coelicolor Reveals a Link between Laccases and Nitrite Reductases.
著者: Skalova, T. / Dohnalek, J. / Ostergaard, L.H. / Ostergaard, P.R. / Kolenko, P. / Duskova, J. / Stepankova, A. / Hasek, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the small laccase from Streptomyces coelicolor
著者: Skalova, T. / Dohnalek, J. / Ostergaard, L.H. / Ostergaard, P.R. / Kolenko, P. / Duskova, J. / Hasek, J.
履歴
登録2008年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: laccase
B: laccase
C: laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,57823
ポリマ－110,7963
非ポリマー1,78220
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14000 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area27680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.868, 180.868, 177.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 laccase / E.C.1.10.3.2


分子量: 36932.008 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 解説: TAKA amylase promoter / 遺伝子: SC4C6.22 / プラスミド: pLAQ029 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株 (発現宿主): ToC1512 / 参照: UniProt: Q9XAL8, laccase
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
ID
1
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, ハンギングドロップ法939 % (v/v) PEG monomethyl ether 550, 0.1 M NaCl, 0.1 M glycine, pH 9.0; 2:1 protein:reservoir ratio in a drop; data from this crystal were used for structure refinement, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
2982蒸気拡散法, ハンギングドロップ法745 % (w/v) Jeffamine ED-2001, pH 7.0, 0.05 M HEPES, pH 7.0; data from this crystal were consulted during structure refinement but not used as refinement target, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.3775, 1.380, 0.954
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月22日 / 詳細: Si(111) monochromator and mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.37751
21.381
30.9541
Reflection冗長度: 29 % / Av σ(I) over netI: 6.1 / 数: 2348328 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 0.77 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 80881 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.815010010.0561.36728.4
4.625.8110010.0771.35529.5
4.034.6210010.0680.88129.9
3.664.0310010.0880.72829.9
3.43.6610010.1110.65529.9
3.23.410010.1480.55129.9
3.043.210010.210.52529.9
2.913.0410010.3040.52729.9
2.82.9110010.440.53629
2.72.899.910.5960.54224.1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 80263 / Num. obs: 80263 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): -999 / Observed criterion σ(I): -999 / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Χ2: 1.116 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique all: 5942 / Rsym value: 0.64 / Χ2: 1.194 / % possible all: 70.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MxCuBEデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXC位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.679→28.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / SU B: 3.634 / SU ML: 0.077 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.166 / 立体化学のターゲット値: REFMAC5 DICTIONARY / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 1569 -RANDOM
Rwork0.172 ---
all0.172 78462 --
obs0.172 78462 96.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.146 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.679→28.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6321 0 71 360 6752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0216557
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5581.9278872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.886310713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.615811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25523.025314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.36815993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6151545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2903
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2090.24554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.23142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.23514
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1130.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1120.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1050.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1721.55053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1461.51698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32126420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06732968
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.934.52452
LS精密化 シェル解像度: 2.679→2.748 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.367 5977 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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