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万見
- PDB-3cfx: Crystal structure of M. acetivorans periplasmic binding protein M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cfx
タイトルCrystal structure of M. acetivorans periplasmic binding protein ModA/WtpA with bound tungstate
要素UPF0100 protein MA_0280
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / binding protein / molybdate / tungstate / ligand / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


tungstate binding / molybdate ion binding / molybdate ion transport
類似検索 - 分子機能
Tungstate ABC transporter, substrate-binding protein WtpA / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TUNGSTATE(VI)ION / Uncharacterized solute-binding protein MA_0280
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Comellas-Bigler, M. / Hollenstein, K. / Locher, K.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2009
タイトル: Distorted octahedral coordination of tungstate in a subfamily of specific binding proteins.
著者: Hollenstein, K. / Comellas-Bigler, M. / Bevers, L.E. / Feiters, M.C. / Meyer-Klaucke, W. / Hagedoorn, P.L. / Locher, K.P.
履歴
登録2008年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年7月28日Group: Advisory / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine / struct_conn / struct_site
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0100 protein MA_0280
B: UPF0100 protein MA_0280
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,51012
ポリマ－65,5482
非ポリマー96110
水7,620423
1
A: UPF0100 protein MA_0280
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1635
ポリマ－32,7741
非ポリマー3894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UPF0100 protein MA_0280
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3477
ポリマ－32,7741
非ポリマー5736
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.500, 51.860, 124.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 UPF0100 protein MA_0280 / Molybdate ABC transporter / solute-binding protein


分子量: 32774.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Molybdate ABC transporter, solute-binding protein
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
遺伝子: modA / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-codon plus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8TTZ5
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: MES, Magnesium Acetate, PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.2144 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2144 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 169418 / Num. obs: 165102 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 1.6 Å / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
CNS精密化
XDSデータ削減
XDXデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→30 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2353 8211 4.8 %RANDOM
Rwork0.2103 ---
all-169418 --
obs-165102 97.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4566 0 38 423 5027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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