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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c80 | ||||||
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タイトル | T4 Lysozyme mutant R96Y at room temperature | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / BACTERIOPHAGE T4 LYSOZYME / VIRAL LYSOZYME / MUTATIONAL ANALYSIS / PROTEIN ENGINEERING / THERMAL STABILITY / PROTEIN STABILITY / PROTEIN ELECTROSTATICS / PROTEIN STRUCTURE / CATION BINDING / CHARGE BURIAL / HYDROGEN BONDING / HELIX DIPOLE / PROTEIN CREVICES / STERIC STRAIN / TEMPERATURE-SENSITIVE MUTANT / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mooers, B.H.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme. 著者: Mooers, B.H. / Baase, W.A. / Wray, J.W. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: Evaluation at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature-sensitive T4 lysozyme mutant Arg 96 --> His. 著者: Mooers, B.H. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3c7wC ![]() 3c7yC ![]() 3c7zC ![]() 3c81C ![]() 3c82C ![]() 3c83C ![]() 3c8qC ![]() 3c8rC ![]() 3c8sC ![]() 3cdoC ![]() 3cdqC ![]() 3cdrC ![]() 3cdtC ![]() 3cdvC ![]() 3fi5C ![]() 1l63S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18668.447 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BME / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 % |
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結晶化 | pH: 6.7 詳細: 2 M NA/K PHOSPHATE PH 6.7 550 MM NACL 50 MM REDUCED BME, 50 MM OXIDIZED BME , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K, pH 6.70 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5414 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→19.76 Å / Num. obs: 13030 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 22.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 27.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Mean I/σ(I) obs: 12.8 / Rsym value: 0.103 / % possible all: 65.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1L63 解像度: 1.99→19.76 Å / 交差検証法: FWT-FMUT DIFFERENCE MAPS / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT5G / 詳細: NATIVE K = 0.8597 OVERALL B = 0.00000
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溶媒の処理 | Bsol: 97.64 Å2 / ksol: 0.85 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→19.76 Å
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拘束条件 |
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