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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c6z | ||||||
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タイトル | HNL from Hevea brasiliensis to atomic resolution | ||||||
![]() | Hydroxynitrilase | ||||||
![]() | LYASE / atomic resolution / hydroxynitril lyase / catalysis / protonation state / ab initio calculations / substrate binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() (S)-hydroxynitrile lyase / aliphatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / aromatic (S)-hydroxynitrile lyase activity / jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process / methyl indole-3-acetate esterase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schmidt, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic resolution crystal structures and quantum chemistry meet to reveal subtleties of hydroxynitrile lyase catalysis 著者: Schmidt, A. / Gruber, K. / Kratky, C. / Lamzin, V.S. #1: ![]() タイトル: Three-dimensional structures of enzyme-substrate complexes of the hydroxynitrile lyase from Hevea brasiliensis 著者: Zuegg, J. / Gruber, K. / Gugganig, M. / Wagner, U.G. / Kratky, C. #2: ![]() タイトル: Atomic resolution crystal structure of hydroxynitrile lyase from Hevea brasiliensis 著者: Gruber, K. / Gugganig, M. / Wagner, U.G. / Kratky, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29262.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 615分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-BME / | #4: 化合物 | ChemComp-IPA / | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2% PEG400, 2M ammonium sulphate, 0.1M Hepes-Na, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月6日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.843 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.05→30 Å / Num. all: 140831 / Num. obs: 140831 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 8.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 26 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.06 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1721 / % possible all: 50 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: molecular replacement/rigid body placement 開始モデル: PDB ENTRY 1QJ4 解像度: 1.05→30 Å / Num. parameters: 25764 / Num. restraintsaints: 31662 交差検証法: FREE R initially, final refinement against all data σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: full anisotropic refinement applied
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 38 / Occupancy sum hydrogen: 2040.7 / Occupancy sum non hydrogen: 2654.25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.05→30 Å
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拘束条件 |
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