PDB-3c57: Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis Hypoxic Respo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c57

タイトル

Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis Hypoxic Response Regulator DosR C-terminal Domain Crystal Form II

要素

TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DEVR

キーワード

TRANSCRIPTION / RESPONSE REGULATOR / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / DNA-BINDING PROTEIN / TUBERCULOSIS / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endosome lumen / dormancy process / host cell cytoplasmic vesicle / phosphorelay signal transduction system / peptidoglycan-based cell wall / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Wisedchaisri, G. / Wu, M. / Sherman, D.R. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the response regulator DosR from Mycobacterium tuberculosis suggest a helix rearrangement mechanism for phosphorylation activation
著者: Wisedchaisri, G. / Wu, M. / Sherman, D.R. / Hol, W.G.

履歴

登録	2008年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c57.cif.gz	36.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c57.ent.gz	24.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/3c57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/3c57	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3c3wC 1zljS 1zlk C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6btz-2 6roa-1 4it7-2 6ng9-1 4it7-4 4it7-3 5fg5-1 1gcf-d 4it7-1 3nx0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DEVR

B: TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DEVR

21 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DEVR

ソフトウェアが定義した集合体
10.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DEVR

ソフトウェアが定義した集合体
10.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.637, 47.400, 66.436
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 151 - 199 / Label seq-ID: 29 - 77

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DEVR / PROBABLY LUXR/UHPA-FAMILY / DevR / DNA-binding response regulator / LuxR family 分子量: 10513.998 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal Domain residues 144-217 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: devR / プラスミド: pET-28(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P95193, UniProt: P9WMF9*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DEVR / PROBABLY LUXR/UHPA-FAMILY / DevR / DNA-binding response regulator / LuxR family

分子量: 10513.998 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal Domain residues 144-217 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: devR / プラスミド: pET-28(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P95193, UniProt: P9WMF9*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 24% w/v PEG 5000mme, 0.2M ammonium sulfate, 10% glycerol, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 14128 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.43 % / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: DosR C-terminal domain (pdb code 1ZLJ) subunit A residues 152-192

1zlj

解像度: 1.7→38.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.674 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic and TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20612	704	5 %	RANDOM
R_work	0.1885	-	-	-
obs	0.1894	14088	98.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	768	0	0	49	817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	832
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.33	2.017	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.888	5	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.895	22.5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.086	15	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.488	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.3	337
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.5	585
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.5	76
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.254	0.3	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.211	0.5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.09	4	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.631	5	846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.791	5	318
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.143	6	273
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 355 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.48	5
loose thermal	1.45	10

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	41	-
R_work	0.236	899	-
obs	-	940	90.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4648	0.2451	4.7377	33.6219	2.7983	11.7704	0.1685	-0.1441	0.1172	-0.0748	-0.0448	-0.105	0.155	0.0542	-0.1238	0.0235	-0.0472	0.0457	0.1526	-0.0122	0.0626	43.251	14.632	27.556
2	12.1151	-5.398	1.7908	6.4587	0.8934	10.4144	0.0208	0.5343	-0.0661	0.2677	-0.1484	0.2115	0.1053	0.0614	0.1277	-0.0103	-0.0156	0.0013	0.0927	0.0005	0.0533	48.778	16.92	24.646
3	17.0905	7.4454	6.4022	7.9554	3.0308	7.234	-0.0727	-0.1517	-0.0276	-0.1008	0.0401	0.1682	-0.0599	0.132	0.0326	-0.0093	0.0328	0.0167	0.0851	-0.0156	0.0703	50.524	10.759	21.709
4	32.3974	9.4519	6.2398	11.878	4.9804	7.015	0.1478	-0.2601	0.0913	-0.0544	-0.2349	0.1487	0.2618	-0.0523	0.087	0.0621	-0.0015	-0.0204	0.0328	-0.0077	0.0902	39.667	4.863	18.954
5	4.987	1.2121	2.135	19.0376	5.625	11.7666	0.0964	-0.0387	-0.0144	0.0919	0.1897	-0.2009	-0.076	0.0712	-0.2861	-0.0076	0.0158	-0.0092	0.0677	-0.0217	0.096	35.377	-2.557	15.693
6	9.4846	5.4269	-1.5584	17.3065	2.5153	5.2546	0.142	0.1028	-0.0656	0.0732	-0.0308	-0.0856	-0.2567	0.0253	-0.1112	0.0739	-0.0228	0.0136	0.1318	-0.0124	0.056	30.962	3.701	22.168
7	15.9274	-5.0322	-1.4971	9.0911	-2.7279	7.4292	0.2464	0.3128	-0.0562	0.1406	-0.354	0.0921	-0.059	0.3523	0.1076	0.0126	-0.0195	0.0173	0.1237	-0.0408	0.1132	26.901	1.855	19.432
8	18.5575	9.3692	1.824	11.9848	2.4453	5.1688	-0.0108	-0.047	-0.3277	0.0238	-0.0445	-0.2306	-0.1755	-0.139	0.0553	-0.0074	0.0154	-0.0054	0.0773	-0.0085	0.1193	29.158	8.189	17.16
9	33.3473	16.8017	2.6746	10.9049	2.3146	6.2797	0.2107	0.0619	-0.198	0.0627	-0.1863	-0.0995	-0.1355	-0.142	-0.0244	0.0222	-0.0039	-0.0001	0.0402	0.0086	0.1069	37.278	13.935	18.313
10	10.2011	3.361	-2.4529	18.47	-4.1247	8.0983	0.1843	-0.1074	0.0462	-0.1381	-0.0855	-0.003	0.0675	0.0233	-0.0988	-0.0091	0.0057	-0.0258	0.0656	0.0342	0.0938	43.904	21.512	17.682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	149 - 164	27 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	165 - 177	43 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	178 - 186	56 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	187 - 193	65 - 71
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	194 - 199	72 - 77
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	151 - 166	29 - 44
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	167 - 176	45 - 54
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	177 - 186	55 - 64
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	187 - 193	65 - 71
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	194 - 199	72 - 77

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