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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c4h | ||||||
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タイトル | Human poly(ADP-ribose) polymerase 3, catalytic fragment in complex with an inhibitor DR2313 | ||||||
![]() | Poly(ADP-ribose) polymerase 3 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / enzyme-inhibitor complex / catalytic fragment / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Glycosyltransferase / NAD / Nucleus | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of isotype switching / : / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of DNA ligation / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / protein localization to site of double-strand break / protein auto-ADP-ribosylation ...negative regulation of isotype switching / : / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of DNA ligation / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / protein localization to site of double-strand break / protein auto-ADP-ribosylation / intercellular bridge / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / catalytic activity / regulation of mitotic spindle organization / centriole / telomere maintenance / nucleotidyltransferase activity / double-strand break repair / site of double-strand break / nuclear body / centrosome / nucleolus / nucleoplasm / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lehtio, L. / Collins, R. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Busam, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. ...Lehtio, L. / Collins, R. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Busam, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Herman, M.D. / Johansson, A. / Johansson, I. / Kallas, A. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van den Berg, S. / Welin, M. / Weigelt, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for inhibitor specificity in human poly(ADP-ribose) polymerase-3. 著者: Lehtio, L. / Jemth, A.S. / Collins, R. / Loseva, O. / Johansson, A. / Markova, N. / Hammarstrom, M. / Flores, A. / Holmberg-Schiavone, L. / Weigelt, J. / Helleday, T. / Schuler, H. / Karlberg, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39752.074 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic fragment: Residues 178-532 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-DRL / |
#3: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.29 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.9 M DL-Malic acid, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月13日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 18978 / Num. obs: 18978 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 15.22 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.64 / Num. unique all: 2442 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2PA9 ![]() 2pa9 解像度: 2.1→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 10.747 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.402 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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