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- PDB-3c1a: Crystal structure of a putative oxidoreductase (ZP_00056571.1) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c1a
タイトルCrystal structure of a putative oxidoreductase (ZP_00056571.1) from Magnetospirillum magnetotacticum MS-1 at 1.85 A resolution
要素Putative oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ZP_00056571.1 / A Putative Oxidoreductase / Oxidoreductase family / NAD-binding Rossmann fold / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Putative oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative oxidoreductase (ZP_00056571.1) from Magnetospirillum magnetotacticum MS-1 at 1.85 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase
B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3105
ポリマ－66,8602
非ポリマー4513
水11,602644
1
A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7303
ポリマ－33,4301
非ポリマー3002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5802
ポリマ－33,4301
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.658, 86.361, 87.907
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-553-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 8 - 314 / Label seq-ID: 9 - 315

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

-
要素

#1: タンパク質 Putative oxidoreductase


分子量: 33429.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)
株: MS-1 / 遺伝子: ZP_00056571.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: D0VWS9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED ...1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. 2. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. THE SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE AT GENBANK WITH ACCESSION CODE ZP_00056571.1 AND IN THE UNIPROT ARCHIVE (UNIPARC) WITH ACCESSION CODE UPI0000384B0A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: NANODROP, 19.6% PEG 3350, 0.15M Di-ammonium tartrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.91840, 0.97953, 0.97939
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月26日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
20.979531
30.979391
反射解像度: 1.85→29.988 Å / Num. obs: 61976 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.379 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.85-1.93.50.88521584644920.88598.5
1.9-1.953.50.6642.41534043260.66498.8
1.95-2.013.50.592.81518242830.5999.4
2.01-2.073.60.4613.31491841760.46199.4
2.07-2.143.60.37841455640430.37899.6
2.14-2.213.60.3274.41424539260.32799.9
2.21-2.293.70.275.11387937970.27100
2.29-2.393.70.2525.51346536680.252100
2.39-2.493.70.226.11294735200.22100
2.49-2.623.70.17771242433790.177100
2.62-2.763.70.1581172131880.15100
2.76-2.933.70.1279.11123630620.127100
2.93-3.133.70.11110.51044028600.111100
3.13-3.383.60.09113983127010.091100
3.38-3.73.60.07815.5891424630.078100
3.7-4.143.60.06617.8815322500.066100
4.14-4.783.60.0620722620060.06100
4.78-5.853.60.05819.3613317190.058100
5.85-8.273.50.05618.9465713400.05699.9
8.27-29.9883.20.05423.425167770.05497.6

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→29.988 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.809 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.144
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. PEG 3350 FRAGMENTS (PEG, PGE AND PG4) FROM CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED. 5. RAMACHANDRAN OUTLIER OF RESIDUE PRO 259 IN THE B-SUBUNIT IS LOCATED IN POOR DENSITY. 6. ELECTRON DENSITY ALONG THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS NEAR THE SIDECHAIN OF THR B249 IS DISORDERED AND PRECLUDED THE RELIABLE MODELING OF THIS SIDECHAIN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3136 5.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 61925 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.499 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å20 Å2
2--2.3 Å20 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4476 0 30 644 5150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224733
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.9756491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9637633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0175640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.98423.742163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.61915697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4261530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02875
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2959
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.23288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.22254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.22425
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0810.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2660.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0633228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.62631268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.89555066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8781715
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.828111425
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3673 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.210.5
MEDIUM THERMAL0.822
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 240 -
Rwork0.299 4225 -
all-4465 -
obs--98.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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