[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6gzb: Tandem GerMN domains of the sporulation protein GerM from Bacillu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gzb | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Tandem GerMN domains of the sporulation protein GerM from Bacillus subtilis | |||||||||
Components | Spore germination protein GerMGermination | |||||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / GerM / GerMN domain / lipoprotein / sporulation / endospores / secretion systems | |||||||||
Function / homology | GerMN domain / Sporulation and spore germination / Sporulation and spore germination / sporulation resulting in formation of a cellular spore / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ACETATE ION / Spore germination protein GerM Function and homology information | |||||||||
Biological species | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Trouve, J. / Mohamed, A. / Leisico, F. / Contreras-Martel, C. / Liu, B. / Mas, C. / Rudner, D.Z. / Rodrigues, C.D.A. / Morlot, C. | |||||||||
Funding support | France, Australia, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: J. Struct. Biol. / Year: 2018 Title: Structural characterization of the sporulation protein GerM from Bacillus subtilis. Authors: Trouve, J. / Mohamed, A. / Leisico, F. / Contreras-Martel, C. / Liu, B. / Mas, C. / Rudner, D.Z. / Rodrigues, C.D.A. / Morlot, C. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gzb.cif.gz | 235.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6gzb.ent.gz | 188.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gzb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/6gzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/6gzb | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6gz8SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 37214.375 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (bacteria) Gene: gerM, BSU28380 / Plasmid: pCR280 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): RIL / References: UniProt: P39072 #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.06 % / Description: Short 3D needles |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 / Details: 100 mM Hepes pH 7.2 2.6 M NH4SO4 / PH range: 6.8-7.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 273 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.07252 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07252 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 89726 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 45.52 Å2 / Rrim(I) all: 0.065 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 17.83 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.22 Å / Redundancy: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.14 / Num. unique obs: 13589 / Rrim(I) all: 0.59 / Rsym value: 0.538 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6GZ8 Resolution: 2.1→46.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.437 / SU ML: 0.156 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.164 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.137 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.1→46.46 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|