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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c0x | ||||||
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タイトル | I-SceI in complex with a top nicked DNA substrate | ||||||
![]() |
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![]() | hydrolase/DNA / endonuclease / homing / LADLIDADG / catalytic mechanism / metal binding / nicked intermediate / Hydrolase / Intron homing / Mitochondrion / mRNA processing / mRNA splicing / hydrolase-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() Group II intron splicing / intron homing / mRNA cis splicing, via spliceosome / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Moure, C.M. / Gimble, F.S. / Quiocho, F.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of I-SceI complexed to nicked DNA substrates: snapshots of intermediates along the DNA cleavage reaction pathway. 著者: Moure, C.M. / Gimble, F.S. / Quiocho, F.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 3種, 3分子 BCD
#1: DNA鎖 | 分子量: 4313.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA SYNTHETIC PRODUCT |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3382.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA SYNTHETIC PRODUCT |
#3: DNA鎖 | 分子量: 7615.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA SYNTHETIC PRODUCT |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#4: タンパク質 | 分子量: 27717.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SCEI, OMEGA, SECY / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03882, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-非ポリマー , 2種, 61分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | HETATOM RENUMBERING CA 1-3 IN PUBLICATION CORRESPONDS TO CA 301-303 IN THE PDB FILE. HOH 1-58 IN ...HETATOM RENUMBERIN |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 4.6 詳細: 22-26% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) (v/v), 20 mM CaCl2, 1 mM dithiothreitol, 100 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 4.60 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 19007 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.436 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1R7M 解像度: 2.3→36.08 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å /
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