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- PDB-3c0t: Structure of the Schizosaccharomyces pombe Mediator subcomplex Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c0t
タイトルStructure of the Schizosaccharomyces pombe Mediator subcomplex Med8C/18
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
キーワードTRANSCRIPTION / BETA BARREL / CHANNEL / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / Activator / Nucleus / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


core mediator complex / mediator complex / termination of RNA polymerase II transcription / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 / Mediator complex, subunit Med18 / Med18 protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lariviere, L. / Seizl, M. / van Wageningen, S. / Roether, S. / van de Pasch, L. / Feldmann, H. / Straesser, K. / Hahn, S. / Holstege, C.P. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2008
タイトル: Structure-system correlation identifies a gene regulatory Mediator submodule
著者: Lariviere, L. / Seizl, M. / van Wageningen, S. / Rother, S. / van de Pasch, L. / Feldmann, H. / Strasser, K. / Hahn, S. / Holstege, F.C.P. / Cramer, P.
履歴
登録2008年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9162
ポリマ－27,9162
非ポリマー00
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-12.8 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.016, 111.016, 68.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator complex subunit 18 / Cell separation protein sep11 / RNA polymerase II mediator complex protein pmc6


分子量: 24056.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: O14198
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator complex subunit 8 / Cell separation protein sep15


分子量: 3859.357 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal domain, UNP Residues 180-200 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: O94646
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris pH 8.5, 2M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月1日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 19282 / Num. obs: 19282 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 2806 / Rsym value: 0.379 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The starting model is the structure of Med18 alone, which has not been deposited.

解像度: 2.4→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2314 937 RANDOM
Rwork0.211 --
all-19282 -
obs-19282 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 0 62 1884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.293
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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