PDB-3bzh: Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bzh

タイトル

Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1

要素

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1

キーワード

LIGASE / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / UBIQUITIN / UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME / SGC / Ubl conjugation pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

ISG15 transferase activity / ISG15-protein conjugation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Phosphorylation of the APC/C / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Li, Y. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Mol Cell Proteomics / 年: 2012
タイトル: A human ubiquitin conjugating enzyme (E2)-HECT E3 ligase structure-function screen.
著者: Sheng, Y. / Hong, J.H. / Doherty, R. / Srikumar, T. / Shloush, J. / Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Neculai, D. / Wan, J.W. / Kim, S.K. / Arrowsmith, C.H. / Raught, B. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2008年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2012年11月28日	Group: Database references
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bzh.cif.gz	82.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bzh.ent.gz	61.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bzh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1y6lSC 1yh2C 1yrvC 1zdnC 1zuoC 2a4dC 2a7lC 2awfC 2f4wC 2ob4C 2qgxC 2z5dC 3cegC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zjg-d 3e37-2 4w6p-2 5hxy-5 2dd7-d 5hxy-3 5hxy-4 1q6u-d 5hxy-2 3glw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (14) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (14) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (2) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (14)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (14)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (2)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (2)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1

ヘテロ分子

21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1

ヘテロ分子

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.630, 51.630, 109.437
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 / Ubiquitin-protein ligase E1 / Ubiquitin carrier protein E1 / UbcH6 分子量: 21487.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2E1, UBCH6 / プラスミド: pET28-MHL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51965, ubiquitin-protein ligase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.2M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 9.0, 0.001M DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97942 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月15日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 22998 / Num. obs: 22998 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / R_sym value: 0.037 / Net I/σ(I): 64.3816
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique all: 2245 / R_sym value: 0.835 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1Y6L

1y6l

解像度: 1.6→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 3.713 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22571	1178	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20536	-	-	-
all	0.20639	21768	-	-
obs	0.20639	21768	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.253 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0.25 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1236	0	6	67	1309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.347	1.97	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.599	5	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.616	23.846	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.47	15	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.945	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	973
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.213	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.169	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.533	3	870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.36	4	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.197	5	530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.761	7	435

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	80	-
R_work	0.237	1555	-
obs	-	-	99.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	18.582	-2.3748	5.4903	6.1739	1.8114	25.2736	-0.1493	1.3198	-0.1541	-0.5713	-0.0729	0.0086	-0.4292	0.0904	0.2222	0.1048	-0.0354	-0.0397	0.0887	-0.0235	0.1441	4.615	-16.3841	-23.4923
2	11.6687	-4.8111	-0.3141	3.1984	2.8634	15.5494	-0.184	0.3003	-0.6342	-0.4021	0.0161	0.2818	0.9479	1.5216	0.1678	0.1031	0.1222	0.1751	0.2614	0.1101	0.057	-0.8524	10.6678	-3.005
3	1.7696	-0.5613	1.478	10.45	9.3374	31.1076	-0.1436	0.376	0.3042	-0.0922	-0.4874	-0.5506	-0.5778	0.4633	0.631	0.0527	-0.0574	-0.0345	0.1183	0.0711	0.1217	-6.3611	18.3537	8.2693
4	2.5038	-1.6288	0.1742	4.5078	-1.5589	6.9785	-0.2463	0.1025	0.0689	0.0787	-0.1586	0.0007	-0.3632	-0.2531	0.4049	0.0629	-0.0052	-0.038	0.0996	-0.0403	0.1794	-11.9016	17.2479	14.9356
5	11.3249	-3.625	-5.1817	4.0681	1.6061	7.0747	-0.2831	-0.2697	-0.0673	-0.1324	-0.0802	-0.1058	0.7405	0.7748	0.3634	0.0917	0.0744	0.0704	0.1289	0.0487	0.1038	-4.2565	7.884	11.0391
6	4.7484	-0.0056	0.4358	3.7653	1.1736	2.6576	0.0263	-0.4872	0.3509	-0.0648	-0.0504	0.222	-0.0473	-0.1194	0.024	0.0132	-0.0116	0.0132	0.1282	-0.0606	0.1115	-23.8436	11.2021	21.6717
7	3.1173	1.8366	-3.5801	2.7111	-4.101	8.8565	-0.1626	0.0681	-0.1137	-0.6044	0.0237	-0.0822	0.8073	0.0561	0.1389	0.1798	0.0089	0.0414	0.0728	-0.0066	0.08	-12.1774	5.3025	7.566
8	5.6407	0.6774	0.8635	0.8661	0.2655	3.6555	-0.0042	0.1008	-0.3434	-0.2123	-0.0228	0.0241	0.302	-0.0443	0.027	0.1282	-0.0447	-0.0222	0.0547	-0.0055	0.1264	-24.3453	0.496	12.4608
9	6.407	4.2405	-4.1635	14.7774	-6.8925	13.948	-0.2362	0.7251	0.3016	-0.8188	0.569	0.4051	0.6396	-0.8552	-0.3328	0.1263	-0.1125	-0.0549	0.1637	0.0726	0.0026	-18.7166	10.4012	-0.9208
10	18.4323	3.109	-5.029	3.9654	-3.2066	7.4073	0.2214	0.5913	0.3282	0.1441	-0.2683	0.0751	-0.2787	0.2838	0.0468	0.0838	-0.0308	-0.0203	0.0984	-0.0053	0.0642	-20.0467	13.697	9.2667
11	7.1173	-1.2005	-0.328	2.49	-0.5575	2.7905	0.1269	0.0937	-0.3414	-0.3104	-0.0744	0.1314	0.1498	-0.471	-0.0525	0.0714	-0.0625	-0.0487	0.1026	-0.0436	0.0876	-33.1826	1.9294	11.0101
12	8.7971	-1.1164	2.2321	1.0455	-0.4533	6.2287	0.0578	-0.3716	-0.4979	0.1635	0.1099	0.4096	0.4402	-0.5847	-0.1677	0.04	-0.0798	0.0109	0.1369	0.035	0.1476	-34.7286	1.7013	21.8491
13	16.337	1.1207	-3.0952	1.8606	-0.8575	13.2058	0.351	-0.9838	-0.8613	0.6466	-0.1175	-0.2537	0.3797	-0.1501	-0.2335	0.1137	-0.0495	-0.0385	0.211	0.0914	0.0828	-22.8385	1.4124	27.6713

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	21 - 27	22 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	40 - 51	41 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	52 - 60	53 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	61 - 73	62 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	74 - 81	75 - 82
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	82 - 96	83 - 97
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	97 - 118	98 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	119 - 132	120 - 133
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	133 - 143	134 - 144
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	144 - 156	145 - 157
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	157 - 173	158 - 174
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	174 - 188	175 - 189
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	189 - 193	190 - 194

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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