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- PDB-3bxj: Crystal Structure of the C2-GAP Fragment of synGAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bxj
タイトルCrystal Structure of the C2-GAP Fragment of synGAP
要素Ras GTPase-activating protein SynGAP
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase activating protein / GTPase activation / Membrane / Phosphoprotein / SH3-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of RAS by GAPs / negative regulation of axonogenesis / maintenance of postsynaptic specialization structure / pattern specification process / negative regulation of Ras protein signal transduction / regulation of synapse structure or activity / receptor clustering / dendrite development / regulation of MAPK cascade / postsynaptic density, intracellular component ...Regulation of RAS by GAPs / negative regulation of axonogenesis / maintenance of postsynaptic specialization structure / pattern specification process / negative regulation of Ras protein signal transduction / regulation of synapse structure or activity / receptor clustering / dendrite development / regulation of MAPK cascade / postsynaptic density, intracellular component / axonogenesis / GTPase activator activity / dendritic shaft / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / visual learning / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction / postsynaptic density / synapse / protein kinase binding / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GTPase Activation - p120GAP; domain 1 - #20 / GTPase activation domain, GAP fold / p120GAP domain-like / PH domain-like / Disabled homolog 2-interacting protein, C-terminal domain / SynGAP, PH domain / Disabled homolog 2-interacting protein, C-terminal domain / GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Ras GTPase-activating protein ...GTPase Activation - p120GAP; domain 1 - #20 / GTPase activation domain, GAP fold / p120GAP domain-like / PH domain-like / Disabled homolog 2-interacting protein, C-terminal domain / SynGAP, PH domain / Disabled homolog 2-interacting protein, C-terminal domain / GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins (rasGAP) domain profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Rho GTPase activation protein / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Single Sheet / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pena, V. / Hothorn, M. / Eberth, A. / Kaschau, N. / Parret, A. / Gremer, L. / Bonneau, F. / Ahmadian, M.R. / Scheffzek, K.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2008
タイトル: The C2 domain of SynGAP is essential for stimulation of the Rap GTPase reaction.
著者: Pena, V. / Hothorn, M. / Eberth, A. / Kaschau, N. / Parret, A. / Gremer, L. / Bonneau, F. / Ahmadian, M.R. / Scheffzek, K.
履歴
登録2008年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating protein SynGAP
B: Ras GTPase-activating protein SynGAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8912
ポリマ－108,8912
非ポリマー00
水00
1
A: Ras GTPase-activating protein SynGAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4451
ポリマ－54,4451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras GTPase-activating protein SynGAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4451
ポリマ－54,4451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.320, 113.320, 166.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 Ras GTPase-activating protein SynGAP / Synaptic Ras GTPase-activating protein 1 / Synaptic Ras-GAP 1 / Neuronal RasGAP / p135 SynGAP


分子量: 54445.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Syngap1 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9QUH6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 80 mM ammonium sulfate, 11% PEG 3000, 0.1 M sodium phosphate/citrate, 0.1mM EDTA as additive, pH 4.9, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→19.97 Å / Num. obs: 32876 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 57.974 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 22.52
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3-3.170.3835.1209123680100
3.17-40.13712.95865710312100
4-50.04333.2284384996100
5-60.03738.2126362229100
6-100.0344.7132612397100
10-120.02361.51485278100
12-140.0256075814999.3
14-160.01956.837479100
16-200.02455.33708197.6
20

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.579 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.308
最高解像度最低解像度
Translation3.5 Å12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 28.18 / SU ML: 0.263 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.516 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1644 5 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.246 32876 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.426 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.51 Å21.26 Å20 Å2
2--2.51 Å20 Å2
3----3.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5491 0 0 0 5491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225582
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.9747531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99339239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5325696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.82824.073248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.71515991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7971538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021123
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.21400
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.23864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.22723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.22992
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0290.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2780.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7771.54490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1021.51411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91825591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.53832366
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4154.51940
LS精密化 シェル解像度: 3→3.17 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 112 -
Rwork0.309 2129 -
all-2241 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.460.08491.49321.06170.02594.9071-0.0816-0.06240.32140.3274-0.04330.3054-0.4631-0.78080.12490.1077-0.00750.06330.00170.09950.07446.7327-11.52971.2121
21.37971.1838-0.91292.1793-1.61852.34720.0168-0.0126-0.0559-0.1868-0.0227-0.10790.05570.03170.0059-0.0456-0.03910.0002-0.1142-0.0389-0.119941.348-35.52716.2991
31.91622.2101-1.2343.5329-1.93432.2125-0.01870.0367-0.0348-0.1457-0.0749-0.17080.10290.01320.0935-0.15620.012-0.0453-0.098-0.0349-0.127144.7431-31.21356.301
40.01150.04720.41820.1941.717915.21590.0525-0.0652-0.15810.3583-0.0581-0.1816-0.21360.82150.00570.266-0.00720.01440.34540.05130.272986.9152-33.31936.5383
50.8043-0.9731-0.99341.89951.24032.1090.0703-0.0037-0.12740.1522-0.1340.13990.1269-0.23610.0637-0.0261-0.0172-0.0365-0.11660.0183-0.084560.0762-25.594831.7744
61.2448-0.7488-0.28412.08830.99262.10310.0383-0.0119-0.06750.1247-0.0529-0.02510.1302-0.09550.0145-0.0243-0.0692-0.01-0.20640.034-0.1259.0066-22.787330.9114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA238 - 4262 - 190
2X-RAY DIFFRACTION2AA427 - 565191 - 329
3X-RAY DIFFRACTION3AA566 - 713330 - 477
4X-RAY DIFFRACTION4BB237 - 4041 - 168
5X-RAY DIFFRACTION5BB405 - 525169 - 289
6X-RAY DIFFRACTION6BB526 - 719290 - 483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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