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- PDB-3bxd: Crystal structure of Mouse Myo-inositol oxygenase (re-refined) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bxd
タイトルCrystal structure of Mouse Myo-inositol oxygenase (re-refined)
要素INOSITOL OXYGENASEイノシトールオキシゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PROTEIN-SUBSTRATE COMPLEX / HD DOMAIN FOLD / DIIRON
機能・相同性
機能・相同性情報


イノシトールオキシゲナーゼ / inositol oxygenase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol catabolic process / aldo-keto reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / 封入体 / ferric iron binding / NADP binding / oxidoreductase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
イノシトールオキシゲナーゼ / Myo-inositol oxygenase / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ギ酸 / 1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE / HYDROXIDE ION / イノシトールオキシゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hallberg, B.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a substrate complex of myo-inositol oxygenase, a di-iron oxygenase with a key role in inositol metabolism.
著者: Brown, P.M. / Caradoc-Davies, T.T. / Dickson, J.M. / Cooper, G.J. / Loomes, K.M. / Baker, E.N.
履歴
登録2008年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月12日Group: Other
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 0 THIS ENTRY 3BXD REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R2HUOSF. IN PDB ENTRY ... THIS ENTRY 3BXD REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R2HUOSF. IN PDB ENTRY 3BXD INFORMATION IN REMARK 200 SERIES IS BASED ON THE EXPERIMENT DESCRIBED IN PDB ENTRY 2HUO. ORIGINAL DATA DETERMINED BY AUTHOR J.WANG

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INOSITOL OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8716
ポリマ－33,5161
非ポリマー3555
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.600, 77.200, 85.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 INOSITOL OXYGENASE / イノシトールオキシゲナーゼ / E.C.1.13.99.1 / Myo-inositol oxygenase / Aldehyde reductase-like 6 / Renal-specific oxidoreductase


分子量: 33515.891 Da / 分子数: 1 / 断片: Mus musculus Myo-inositol oxygenase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Miox, Aldrl6, Rsor / プラスミド: PPRO EX HTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PRP
参照: UniProt: Q9QXN5, イノシトールオキシゲナーゼ

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非ポリマー , 5種, 109分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド / Hydroxide


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物 ChemComp-INS / 1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE / MYO-INOSITOL / イノシト-ル / イノシトール


分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / コメント: 神経伝達物質, ホルモン*YM
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2HUO

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化開始モデル: 2HUO

2huo


解像度: 2→42.7 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THIS ENTRY REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF X-RAY DATA R2HUOSF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1057 5.14 %The same R-free set as 2HUO
Rwork0.21 ---
all0.212 20586 --
obs0.212 20574 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 14.35 Å2 / Biso mean: 56.54 Å2 / Biso min: 126.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.48 Å2-0 Å2-0 Å2
2---9.755 Å20 Å2
3----19.716 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2119 0 18 104 2241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7567479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5211000
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.0910.311390.30423882527
2.091-2.2010.311450.2823702515
2.201-2.3390.3271040.25524422546
2.339-2.520.2861360.24224072543
2.52-2.7730.2781370.22124052542
2.773-3.1740.3011290.2224512580
3.174-3.9990.2151350.16424602595
3.999-42.710.2041320.17225942726
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9341-0.5678-0.85420.63382.40622.82630.0809-0.05360.2138-0.51650.00760.0143-0.3121-0.0435-0.05631.48110.3087-0.29560.4015-0.07370.492937.563320.670842.7932
20.0745-0.7218-0.82846.7662-2.9011-1.541-0.0973-0.7116-0.20451.98730.2326-0.3426-0.2461-0.043-0.00390.53620.0514-0.30380.37950.0508-0.154635.56485.649730.5804
31.3258-0.6708-0.09333.5-0.8126-0.1729-0.00610.064-0.29050.56730.0471.5146-0.0685-0.0181-0.02060.3044-0.02580.13350.25250.03221.191418.859914.770524.1976
40.7923-1.4007-0.53053.40561.49631.65850.0368-0.00310.13680.57350.2085-0.21290.01660.0419-0.27671.38060.37120.15770.4452-0.02010.550128.453322.389638.9091
54.5202-1.941-1.20932.34172.38670.5845-0.3918-0.18860.81830.60430.4733-0.12110.37430.119-0.08190.37750.06620.03190.2712-0.050.642425.750733.533827.4727
60.946-0.46840.07292.7412-0.04380.5012-0.21210.02730.13760.73390.12940.1613-0.18450.02040.07140.3290.0120.0660.20190.00090.572128.828619.127125.927
71.89920.5315-1.22151.00580.97961.2725-0.173-0.0517-0.32440.9082-0.1273-0.7566-0.15180.02990.24070.60030.0689-0.31120.308-0.03240.714745.84558.863834.2986
82.33940.16241.35573.9532-0.87591.5491-0.05260.350.45330.21330.0042-0.9057-0.00960.3820.04820.30290.0412-0.04710.32230.01441.02148.96741.330525.27
90.1929-0.94310.63552.2349-0.60270.5771-0.08130.27810.21520.0043-0.075-0.2383-0.10570.17890.14980.2063-0.035-0.01850.2397-0.02350.605636.11217.161318.8929
101.48963.3086-2.72053.92471.14483.51270.0568-0.36140.5975-0.24870.0754-0.7254-0.35720.5355-0.15740.2764-0.04450.02720.33940.02120.831444.193423.225515.8296
110.666-0.6576-0.08184.86510.82920.4966-0.1273-0.058-0.09491.22310.3702-0.71480.12020.044-0.19730.55940.0608-0.06090.2804-0.0220.627330.523232.170231.2022
12-0.3265-0.5369-0.28453.3463-0.02170.289-0.03980.0515-0.5853-0.12640.13331.76820.0225-0.144-0.06140.22310.0096-0.07590.28290.06981.172416.62528.368319.1221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 28-42A28 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 43-59A43 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 60-83A60 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 84-94A84 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 95-111A95 - 111
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resseq 112-148A112 - 148
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resseq 149-166A149 - 166
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resseq 167-176A167 - 176
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and resseq 177-232A177 - 232
10X-RAY DIFFRACTION10chain A and resseq 233-246A233 - 246
11X-RAY DIFFRACTION11chain A and resseq 247-264A247 - 264
12X-RAY DIFFRACTION12chain A and resseq 265-285A265 - 285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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