PDB-3bxa: Monomeric Far-red Fluorescent Protein mKate Crystallized at pH 4.2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bxa

タイトル

Monomeric Far-red Fluorescent Protein mKate Crystallized at pH 4.2

要素

Far-red fluorescent protein mKate

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Far-red fluorescent protein / E. quadricolor / Chromophore structure / pH-induced cis-trans izomerization

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / CITRIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Pletnev, S. / Pletneva, N. / Pletnev, V.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: A Crystallographic Study of Bright Far-Red Fluorescent Protein mKate Reveals pH-induced cis-trans Isomerization of the Chromophore.
著者: Pletnev, S. / Shcherbo, D. / Chudakov, D.M. / Pletneva, N. / Merzlyak, E.M. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, V.

履歴

登録	2008年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bxa.cif.gz	107.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bxa.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bxa_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bxa_full_validation.pdf.gz	470.1 KB	表示
XML形式データ	3bxa_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	3bxa_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/3bxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/3bxa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bx9C 3bxbC 3bxcC 1uis C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m22-4 3u8c-4 3bxb-1 3m22-1 3m22-3 3u8c-1 3bxb-8 3bx9-1 4kpi-d 3svo-3 3svr-4 3svs-4 3bxb-5 3nt9-1 3nt9-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Far-red fluorescent protein mKate

B: Far-red fluorescent protein mKate

ヘテロ分子

55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Far-red fluorescent protein mKate

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Far-red fluorescent protein mKate

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.181, 98.181, 106.452
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-313- HOH

#1: タンパク質	Far-red fluorescent protein mKate 分子量: 27640.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク) プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 Blue
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 17.5% w/v PEG 3350, 0.07M citric acid, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 50567 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 0.943 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.75-1.81	7.6	0.522	5000	0.817	1	99.1
1.81-1.89	7.6	0.357	5022	0.847	1	99.3
1.89-1.97	7.7	0.224	5013	0.906	1	99.3
1.97-2.07	7.7	0.15	5063	0.998	1	99.7
2.07-2.2	7.7	0.114	5023	1.031	1	99.7
2.2-2.37	7.7	0.082	5087	1.009	1	99.7
2.37-2.61	7.7	0.058	5038	1.044	1	99.9
2.61-2.99	7.7	0.048	5075	0.986	1	99.9
2.99-3.77	7.7	0.028	5108	0.933	1	100
3.77-30	7.7	0.02	5138	0.856	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.75→29.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 2.676 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	1032	2.1 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.182	48843	96.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.737 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3570	0	13	302	3885

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.766	2.032	5178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.802	5	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.134	24.132	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.674	15	659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.297	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.194	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.013	1.5	2352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.597	2	3713
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.431	3	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.54	4.5	1465

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	61	-
R_work	0.261	3617	-
all	-	3678	-
obs	-	-	99.3 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)