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- PDB-3bwv: Crystal structure of deoxyribonucleotidase-like protein (NP_76406... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bwv
タイトルCrystal structure of deoxyribonucleotidase-like protein (NP_764060.1) from Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 at 1.55 A resolution
要素Putative 5'(3')-deoxyribonucleotidase
キーワードHYDROLASE / NP_764060.1 / deoxyribonucleotidase-like protein / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine deoxyribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / 5'-nucleotidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative 5'(3')-deoxyribonucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of deoxyribonucleotidase-like protein (NP_764060.1) from Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 at 1.55 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT USED FOR REFINEMENT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG ... SEQUENCE THE CONSTRUCT USED FOR REFINEMENT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 5'(3')-deoxyribonucleotidase
B: Putative 5'(3')-deoxyribonucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0286
ポリマ－42,9092
非ポリマー1204
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.310, 40.270, 55.310
Angle α, β, γ (deg.)71.930, 75.080, 83.620
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Putative 5'(3')-deoxyribonucleotidase


分子量: 21454.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 12228 / 遺伝子: NP_764060.1, SE_0505 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100
参照: UniProt: Q8CTG7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: NANODROP, 17.6% PEG 3350, 0.4M Magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97908, 0.97959
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月9日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979081
30.979591
反射解像度: 1.54→29.235 Å / Num. obs: 43195 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.438 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 4.92
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.54-1.60.5291.261687578175.2
1.6-1.660.4341.570228058194
1.66-1.730.3511.871848134194.3
1.73-1.830.252.485029608194.8
1.83-1.940.1683.473228336194.9
1.94-2.090.1114.876468767195
2.09-2.30.0826.376388880195.6
2.3-2.630.077.473228785195.9
2.63-3.310.059969608857195.5
3.31-29.2350.04510.466508811194.7

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0066精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→29.235 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.605 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.095
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. MG AND CL MODELED BASED ON GEOMETRY AND CRYSTALLIZATION CONDITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2176 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 43194 94.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å2-0.21 Å2-0.58 Å2
2---0.79 Å20.77 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.235 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2700 0 4 181 2885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222819
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6341.9413832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04434576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9715349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64724.167144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.77215476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5931516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0041.51698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3011.5680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74822748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.10531121
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8124.51074
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 124 -
Rwork0.294 2792 -
all-2916 -
obs--86.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6255-0.0568-0.20491.8546-0.50951.54020.0451-0.0373-0.2010.00310.04450.15240.0587-0.0611-0.0896-0.0429-0.0036-0.0008-0.0424-0.0058-0.063216.442519.057944.5968
2000000000000000-0.0237-0.0243-0.0392-0.0504-0.01170.003615.910615.28541.5251
32.1807-0.40270.15751.1639-0.57591.39430.0158-0.01690.0008-0.02870.03260.1476-0.0099-0.0384-0.0483-0.0012-0.00370.0035-0.0453-0.0102-0.038816.80935.187219.5333
40000000000000000.0290.0070.0345-0.0212-0.0936-0.071116.369538.476522.5175
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1783 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2AC3001
3X-RAY DIFFRACTION3BB3 - 1784 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4BD3001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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