PDB-3bvo: Crystal structure of human co-chaperone protein HscB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bvo

タイトル

Crystal structure of human co-chaperone protein HscB

要素

Co-chaperone protein HscB, mitochondrial precursor

キーワード

CHAPERONE / Co-chaperone protein HscB / Structural Genomics Medical Relevance / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / Mitochondrion / Transit peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

primitive hemopoiesis / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Complex III assembly / primitive erythrocyte differentiation / Complex I biogenesis / Mitochondrial protein import / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / protein complex oligomerization / ATPase activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Bitto, E. / Bingman, C.A. / McCoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure of human J-type co-chaperone HscB reveals a tetracysteine metal-binding domain.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Bittova, L. / Kondrashov, D.A. / Bannen, R.M. / Fox, B.G. / Markley, J.L. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2008年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bvo.cif.gz	87.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bvo.ent.gz	70.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/3bvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/3bvo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5vh5-d 3as5-1 4xzf-1 3l0r-d 3v7m-d 2ql1-d 4bm7-1 6jij-1 4mdr-d 4hag-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.91296

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Co-chaperone protein HscB, mitochondrial precursor

B: Co-chaperone protein HscB, mitochondrial precursor

ヘテロ分子

49 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Co-chaperone protein HscB, mitochondrial precursor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Co-chaperone protein HscB, mitochondrial precursor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.644, 32.581, 114.362
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.240, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	LYS	A	A	40 - 143	12 - 115
2	1	ARG	LYS	B	B	40 - 143	12 - 115
1	2	MSE	LEU	A	A	157 - 235	129 - 207
2	2	MSE	PRO	B	B	157 - 234	129 - 206

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Co-chaperone protein HscB, mitochondrial precursor / Hsc20 / DnaJ homolog subfamily C member 20 分子量: 24397.809 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 30-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSCB, DNAJC20, HSC20 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q8IWL3
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0031 M Sodium azide, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (16% PEG 3350, 0. ...詳細: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0031 M Sodium azide, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (16% PEG 3350, 0.050 M Lithium sulfate, 0.10 M PIPES pH 6.5), cryoprotected with 20% PEG 3350, 0.050 M Lithium sulfate, 0.10 M PIPES pH 6.5 in four steps up to 20% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.54 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0031 M Sodium azide, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (16% PEG 3350, 0. ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月10日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→47.75 Å / Num. obs: 9770 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 1.31 / Net I/σ(I): 10.054

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
3-3.11	4.3	0.342	3.022	780	1.071	79.8
3.11-3.23	5.1	0.287		907	1.075	90.8
3.23-3.38	5.7	0.225		952	0.999	96
3.38-3.56	6.4	0.176		990	1.095	99.9
3.56-3.78	6.7	0.123		1005	0.997	100
3.78-4.07	6.9	0.095		1010	0.857	100
4.07-4.48	7	0.079		988	1.008	100
4.48-5.13	7	0.077		1017	1.212	100
5.13-6.46	6.9	0.084		1045	1.689	100
6.46-47.75	6.7	0.058		1076	2.707	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 36.78 Å / Power centric: 0

ID	R cullis acentric	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	8021	1221
ANO_1	0.736	1.367	7824	0

Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	12.64-36.78	0	0	88	63
ISO_1	9.22-12.64	0	0	157	58
ISO_1	7.6-9.22	0	0	203	64
ISO_1	6.62-7.6	0	0	246	63
ISO_1	5.94-6.62	0	0	294	58
ISO_1	5.44-5.94	0	0	306	59
ISO_1	5.04-5.44	0	0	364	61
ISO_1	4.72-5.04	0	0	358	65
ISO_1	4.45-4.72	0	0	421	58
ISO_1	4.23-4.45	0	0	425	62
ISO_1	4.03-4.23	0	0	445	59
ISO_1	3.86-4.03	0	0	482	62
ISO_1	3.71-3.86	0	0	488	60
ISO_1	3.58-3.71	0	0	506	59
ISO_1	3.46-3.58	0	0	557	68
ISO_1	3.35-3.46	0	0	529	52
ISO_1	3.25-3.35	0	0	552	65
ISO_1	3.16-3.25	0	0	554	63
ISO_1	3.08-3.16	0	0	544	62
ISO_1	3-3.08	0	0	502	60
ANO_1	12.64-36.78	0.316	4.425	88	0
ANO_1	9.22-12.64	0.429	3.144	157	0
ANO_1	7.6-9.22	0.419	3.309	203	0
ANO_1	6.62-7.6	0.375	3.722	246	0
ANO_1	5.94-6.62	0.414	3.212	294	0
ANO_1	5.44-5.94	0.5	2.573	306	0
ANO_1	5.04-5.44	0.58	2.144	364	0
ANO_1	4.72-5.04	0.612	1.739	358	0
ANO_1	4.45-4.72	0.716	1.418	421	0
ANO_1	4.23-4.45	0.771	1.192	425	0
ANO_1	4.03-4.23	0.8	1.062	445	0
ANO_1	3.86-4.03	0.878	0.924	482	0
ANO_1	3.71-3.86	0.925	0.694	487	0
ANO_1	3.58-3.71	0.929	0.601	502	0
ANO_1	3.46-3.58	0.945	0.486	554	0
ANO_1	3.35-3.46	0.968	0.421	527	0
ANO_1	3.25-3.35	0.976	0.333	538	0
ANO_1	3.16-3.25	0.984	0.274	515	0
ANO_1	3.08-3.16	0.987	0.239	489	0
ANO_1	3-3.08	0.992	0.198	423	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	12.806	0.456	5.7	SE	103.93	1.13
2	-5.679	0.705	98.919	SE	81.62	0.67
3	1.221	10.327	42.995	SE	120.4	0.82
4	-18.896	5.314	66.888	SE	107.71	0.75
5	3.296	11.539	72.969	SE	115.38	0.51
6	0.003	14.958	62.381	SE	138.98	0.73
7	-6.59	8.4	81.425	SE	143.49	0.67
8	22.804	15.221	87.647	SE	112.09	0.49
9	-4.035	5.94	77.516	SE	164.14	0.84

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 9241

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.19-100	74	0.56	508
6.44-8.19	71.4	0.776	504
5.63-6.44	62.6	0.801	504
5.09-5.63	68.8	0.833	505
4.71-5.09	69.3	0.871	504
4.43-4.71	59.8	0.894	503
4.2-4.43	65.3	0.877	508
4.01-4.2	71.5	0.881	503
3.86-4.01	73.6	0.87	508
3.72-3.86	74	0.842	514
3.59-3.72	76.6	0.827	503
3.49-3.59	76.7	0.812	505
3.4-3.49	77	0.796	504
3.31-3.4	82.9	0.771	505
3.23-3.31	84.9	0.76	502
3.16-3.23	84.7	0.702	504
3.09-3.16	82.7	0.664	513
3-3.09	81.8	0.651	644

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→47.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / WR_factor R_free: 0.288 / WR_factor R_work: 0.236 / SU B: 47.569 / SU ML: 0.417 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.542 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	753	8.148 %	RANDOM
R_work	0.236	-	-	-
obs	0.24	9242	97.489 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.562 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.085 Å²	0 Å²	-0.703 Å²
2-	-	4.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.765 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→47.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3096	0	7	0	3103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.047	1.969	4247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.06	5	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.164	24.294	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.365	15	609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.232	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.265	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.819	2	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.686	6	3023
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.778	8	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.666	12	1224

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	815	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.15
1	815	MEDIUM THERMAL	0.53	2
2	642	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.15
2	642	MEDIUM THERMAL	0.69	2

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3-3.078	0.386	38	0.264	526	676	83.432
3.078-3.162	0.344	61	0.278	551	673	90.936
3.162-3.254	0.303	48	0.266	570	667	92.654
3.254-3.354	0.352	47	0.273	573	628	98.726
3.354-3.464	0.311	54	0.223	537	591	100
3.464-3.585	0.295	55	0.261	569	624	100
3.585-3.72	0.343	48	0.254	520	568	100
3.72-3.872	0.346	43	0.242	505	548	100
3.872-4.044	0.291	54	0.239	495	550	99.818
4.044-4.241	0.255	37	0.248	477	514	100
4.241-4.47	0.227	28	0.219	456	484	100
4.47-4.741	0.271	24	0.198	446	470	100
4.741-5.068	0.285	38	0.222	384	423	99.764
5.068-5.473	0.327	30	0.238	395	425	100
5.473-5.994	0.332	32	0.25	339	371	100
5.994-6.698	0.346	25	0.306	322	348	99.713
6.698-7.73	0.242	29	0.232	282	311	100
7.73-9.456	0.201	25	0.189	235	260	100
9.456-13.324	0.226	24	0.16	193	217	100
13.324-47.75	0.318	13	0.29	114	132	96.212

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.504	-0.6952	-6.6424	12.8808	-2.3843	10.7063	0.5008	1.5279	0.3766	0.1032	-0.1394	1.6538	-0.6517	-1.72	-0.3613	-0.2627	-0.1951	0.013	-0.0274	0.0731	0.0568	-8.6465	-4.8418	-19.9071
2	7.8843	2.3251	-4.99	0.8536	-1.1934	6.3723	-0.5558	0.2081	-0.8546	-0.3697	0.0078	-0.4438	0.2453	0.525	0.548	-0.3501	0.0066	0.0077	-0.4381	0.024	-0.2307	-10.9251	-13.2464	-5.4179
3	0.0111	-0.0591	-0.2643	0.3145	1.4075	6.3	-0.2702	1.7714	0.1325	3.8967	-1.2215	-0.9052	-6.2447	-0.3597	1.4917	2.2397	-0.1236	-0.2739	0.7326	0.293	0.6871	-23.1479	-2.9219	18.5916
4	8.2298	-2.1954	6.3029	2.0253	-2.6	10.1935	-0.0805	-1.0987	-0.4662	0.4562	0.1533	-0.0079	0.5185	-0.1613	-0.0728	-0.1817	0.0407	-0.0199	-0.2946	0.0527	-0.2709	-22.658	-17.7765	19.8094
5	7.8094	1.4993	-5.8376	10.3336	0.4604	39.9019	-0.5639	1.4757	-0.9399	-0.3146	-0.2942	0.6164	1.2553	-1.9555	0.8581	-0.1604	-0.3808	0.183	0.1919	-0.2674	0.0152	-10.0337	-15.0264	-29.0218
6	5.9797	2.6316	-7.2948	3.9773	-0.3075	11.888	-0.3375	1.7316	-0.6441	0.182	-0.8173	-0.4674	0.7346	-2.3392	1.1549	-0.2321	-0.2205	0.0949	0.9358	-0.3829	-0.1813	-1.3294	-9.8734	-42.1409
7	15.5769	-7.076	-1.0979	7.9651	3.2415	13.9084	-0.3186	-1.2302	-0.2524	-0.4683	0.2925	0.1264	-0.7809	-2.0973	0.0261	0.2557	-0.0139	0.0362	0.4927	0.0255	-0.2528	5.8178	-4.3285	-67.4017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	39 - 70	11 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	71 - 147	43 - 119
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	148 - 158	120 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	159 - 235	131 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	40 - 70	12 - 42
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	71 - 143	43 - 115
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	158 - 234	130 - 206

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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