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- PDB-3bul: E. coli I690C/G743C MetH C-terminal fragment (649-1227) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bul
タイトルE. coli I690C/G743C MetH C-terminal fragment (649-1227)
要素Methionine synthase
キーワードTRANSFERASE / MetH / REACTIVATION CONFORMATION / H759 / COBALAMIN / INTERMODULAR INTERACTIONS / Amino-acid biosynthesis / Cobalt / Metal-binding / Methionine biosynthesis / Methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine synthase / methionine synthase activity / homocysteine metabolic process / methionine biosynthetic process / cobalamin binding / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / methylation / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cobalamin-dependent Methionine Synthase; domain 2 / Cobalamin-dependent Methionine Synthase, domain 2 / Cobalamin-dependent Methionine Synthase; domain 1 / Vitamin B12-dependent methionine synthase, activation domain / Vitamin B12-dependent methionine synthase, activation domain / Vitamin B12 dependent methionine synthase, activation domain / AdoMet activation domain profile. / Cobalamin-dependent methionine synthase / Methionine synthase, B12-binding domain / Vitamin B12-dependent methionine synthase, activation domain superfamily ...Cobalamin-dependent Methionine Synthase; domain 2 / Cobalamin-dependent Methionine Synthase, domain 2 / Cobalamin-dependent Methionine Synthase; domain 1 / Vitamin B12-dependent methionine synthase, activation domain / Vitamin B12-dependent methionine synthase, activation domain / Vitamin B12 dependent methionine synthase, activation domain / AdoMet activation domain profile. / Cobalamin-dependent methionine synthase / Methionine synthase, B12-binding domain / Vitamin B12-dependent methionine synthase, activation domain superfamily / Methionine synthase domain / B12-binding N-terminal domain profile. / B12 binding domain / Homocysteine-binding domain / Homocysteine-binding domain superfamily / Homocysteine S-methyltransferase / Homocysteine-binding domain profile. / : / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain / Methionine synthase domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / Roll / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / Methionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Koutmos, M. / Pattridge, K.A. / Ludwig, M.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: A disulfide-stabilized conformer of methionine synthase reveals an unexpected role for the histidine ligand of the cobalamin cofactor.
著者: Datta, S. / Koutmos, M. / Pattridge, K.A. / Ludwig, M.L. / Matthews, R.G.
履歴
登録2008年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5062
ポリマ－65,1761
非ポリマー1,3301
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.529, 106.529, 137.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Methionine synthase / 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase / Methionine synthase / vitamin-B12- dependent / MS


分子量: 65175.504 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal activation complex (residues 649-1227) / 変異: I690C, G743C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: metH / プラスミド: pVB8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Hms174(DE3) / 参照: UniProt: P13009, methionine synthase
#2: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.92 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.2
詳細: 0.2 M potassium nitrate, and 20 % (w/v) PEG3350, pH 7.2, EVAPORATION, temperature 310K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月1日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→42.07 Å / Num. obs: 35908 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.306 % / Biso Wilson estimate: 42.722 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rsym value: 0.151 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.29→2.43 Å / 冗長度: 15.01 % / Rmerge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / Num. measured obs: 82804 / Num. unique all: 5516 / Num. unique obs: 5516 / Rsym value: 0.838 / % possible all: 95.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Translation4 Å50 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
EPMR位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K7Y

1k7y


解像度: 2.3→42.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 6.715 / SU ML: 0.163 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1773 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.228 35738 --
obs0.2 35737 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.387 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.215 Å0.259 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4572 0 91 63 4726
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0224773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3181.9786506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7175576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.63824.323229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.62615794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1261533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2340.2711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023667
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.22297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.23340
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2580.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.361.52950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27124635
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.58532097
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5494.51871
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 124 -
Rwork0.262 2484 -
all-2608 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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