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- PDB-3bs6: 1.8 Angstrom crystal structure of the periplasmic domain of the m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bs6
タイトル1.8 Angstrom crystal structure of the periplasmic domain of the membrane insertase YidC
要素Inner membrane protein oxaA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / YIDC/OXA1/ALB3 family / Membrane insertion / Chaperone / SEC translocon / Periplasmic domain / Beta supersandwich fold / Helical linker domain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / protein insertion into membrane / protein folding / protein-containing complex assembly / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #90 / Membrane insertase YidC, N-terminal / YidC, periplasmic domain superfamily / YidC periplasmic domain / Membrane insertase YidC / : / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 ...Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #90 / Membrane insertase YidC, N-terminal / YidC, periplasmic domain superfamily / YidC periplasmic domain / Membrane insertase YidC / : / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Membrane protein insertase YidC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ravaud, S. / Sinning, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structure of the Periplasmic Domain of the Escherichia coli Membrane Protein Insertase YidC Contains a Substrate Binding Cleft
著者: Ravaud, S. / Stjepanovic, G. / Wild, K. / Sinning, I.
履歴
登録2007年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inner membrane protein oxaA
B: Inner membrane protein oxaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,44919
ポリマ－61,7552
非ポリマー1,69417
水8,071448
1
A: Inner membrane protein oxaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,75912
ポリマ－30,8781
非ポリマー88111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inner membrane protein oxaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6907
ポリマ－30,8781
非ポリマー8136
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Inner membrane protein oxaA
ヘテロ分子

A: Inner membrane protein oxaA
ヘテロ分子

B: Inner membrane protein oxaA
ヘテロ分子

B: Inner membrane protein oxaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,89838
ポリマ－123,5104
非ポリマー3,38834
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area10150 Å2
ΔGint-74.5 kcal/mol
Surface area45400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.150, 55.640, 63.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-591-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Inner membrane protein oxaA / Periplasmic domain of YidC (P1D)


分子量: 30877.549 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 56-329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: oxaA, yidC / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: P25714

-
非ポリマー , 6種, 465分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 21% PEG3350, 0.2M calcium acetate, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, pH7.5, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.99 Å / Num. obs: 49763 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.428 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.3.0008精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→38.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.533 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1994 4 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.179 49625 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4012 0 104 448 4564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.975694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9575529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.44626.114193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43715641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1111510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22770
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.080.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1050.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.78722664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.52334195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.20621735
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.09931492
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 141 -
Rwork0.27 3380 -
all-3521 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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