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万見
- PDB-3bs3: Crystal structure of a putative DNA-binding protein from Bacteroi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bs3
タイトルCrystal structure of a putative DNA-binding protein from Bacteroides fragilis
要素Putative DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-binding / XRE-family / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a putative DNA-binding protein from Bacteroides fragilis.
著者: Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1463
ポリマ－8,9881
非ポリマー1582
水1,49583
1
A: Putative DNA-binding protein
ヘテロ分子

A: Putative DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2926
ポリマ－17,9752
非ポリマー3164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_674x-y+1,-y+2,-z-1/31
Buried area1120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.337, 63.337, 34.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-137-

HOH

詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Putative DNA-binding protein


分子量: 8987.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: NCTC 9343 / 遺伝子: BF1076 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5LGD2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M LiSO4, 1.25M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931, 0.97945
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月17日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979311
20.979451
Reflection冗長度: 11.9 % / Av σ(I) over netI: 9.2 / 数: 115860 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 2.07 / D res high: 1.65 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 9728 / % possible obs: 98
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.075092.810.0786.44711.7
3.234.0796.510.0754.04112
2.823.2396.110.0954.1312.3
2.562.829810.1013.00912.2
2.382.569810.0982.26212.2
2.242.3898.210.1092.02212.3
2.132.2498.310.1291.78412.3
2.032.1399.110.1431.38712.3
1.962.0399.410.1711.18412.1
1.891.9698.610.2250.91512.3
1.831.8910010.2740.78912.2
1.781.8398.810.3490.8311.9
1.731.7898.910.3960.66311.8
1.691.7399.810.4750.59211
1.651.699810.5090.51410
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 9728 / Num. obs: 9728 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 2.071 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 632 / Χ2: 0.514 / % possible all: 98

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.65 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.473 / FOM acentric: 0.493 / FOM centric: 0.294 / 反射: 9715 / Reflection acentric: 8755 / Reflection centric: 960
Phasing MAD set

最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 50 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.4410.10.1008755960
20.860.812.33.60.950.738736951
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
110.72-500.910.50.4002016
16.01-10.721.4510.50.40013244
14.17-6.011.0910.40.40033775
13.19-4.171.0110.30.300647100
12.59-3.191.3210.20.1001027135
12.18-2.591.610.10.1001566162
11.88-2.182.1610.10002171203
11.65-1.889.91100002855225
210.72-500.470.74.56.83.211.881211
26.01-10.720.680.715.26.71.971.3412442
24.17-6.010.740.744.65.91.671.1733674
23.19-4.170.820.724.35.81.250.84647100
22.59-3.190.820.772.93.51.210.821027135
22.18-2.590.820.812.13.31.040.571566162
21.88-2.180.920.941.92.70.640.342171203
21.65-1.880.9911.72.40.410.222853224
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se24.83940.810.1750.0380
2Se22.103810.7960.075-0.0830
3Se49.321370.5830.015-0.0590
4Se19.1570.8030.0930.0130
5Se130.88120.517-0.1750.1620
6Se25.847440.810.1750.039-0.132
7Se25.153410.7960.075-0.083-0.083
8Se56.666030.5840.015-0.059-0.077
9Se20.080650.8030.0920.011-0.029
10Se132.872670.519-0.1730.164-0.042
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
10.72-500.5970.7670.384362016
6.01-10.720.7110.7680.5417613244
4.17-6.010.6950.7330.52541233775
3.19-4.170.6920.7240.484747647100
2.59-3.190.6810.7170.40211621027135
2.18-2.590.6280.6540.37617281566162
1.88-2.180.4420.4680.16823742171203
1.65-1.880.2340.2470.06830802855225
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 9715
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
4.47-10040.60.879506
3.54-4.4742.30.941508
3.08-3.5443.30.928503
2.8-3.08450.918508
2.59-2.8450.925503
2.44-2.5941.40.927512
2.31-2.4442.70.929515
2.21-2.3144.70.925504
2.13-2.2146.30.92509
2.05-2.1346.60.913507
1.99-2.0554.50.904512
1.93-1.9956.80.914506
1.88-1.93580.901512
1.83-1.8858.40.912506
1.79-1.8366.80.888503
1.75-1.7964.10.9516
1.72-1.7568.10.894504
1.69-1.7268.40.873510
1.65-1.6971.20.841571

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→29.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.505 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.099
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 463 4.8 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.185 9714 --
obs0.185 9714 98.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.059 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å2-0.55 Å20 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3---1.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数502 0 9 83 594
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.99820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.079585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.06224.48329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63515141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.164157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9891.5358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3552581
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2663269
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3484.5226
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 37 -
Rwork0.256 682 -
all-719 -
obs--98.09 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.1757 Å / Origin y: 43.7762 Å / Origin z: -7.2521 Å
111213212223313233
T-0.1121 Å20.016 Å2-0.0072 Å2--0.1013 Å20.0006 Å2---0.109 Å2
L2.6955 °20.6023 °2-0.1516 °2-5.0508 °21.1381 °2--2.1305 °2
S-0.0418 Å °-0.0456 Å °0.0341 Å °0.1772 Å °0.145 Å °-0.2005 Å °-0.0202 Å °0.0953 Å °-0.1032 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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