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- PDB-3bri: Crystal Structure of apo-LC8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bri
タイトルCrystal Structure of apo-LC8
要素Dynein light chain 1, cytoplasmic
キーワードMOTOR PROTEIN / dimer / Cytoplasm / Dynein / Microtubule
機能・相同性
機能・相同性情報


spermatid nucleus elongation / chaeta morphogenesis / Macroautophagy / Aggrephagy / positive regulation of neuron remodeling / wing disc development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / chaeta development ...spermatid nucleus elongation / chaeta morphogenesis / Macroautophagy / Aggrephagy / positive regulation of neuron remodeling / wing disc development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / chaeta development / sperm individualization / imaginal disc-derived wing morphogenesis / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / RNA polymerase II transcription repressor complex / microtubule anchoring at centrosome / Neutrophil degranulation / dynein complex / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / oogenesis / dynein intermediate chain binding / establishment of mitotic spindle orientation / actin filament bundle assembly / centriole / disordered domain specific binding / transcription corepressor activity / spermatogenesis / microtubule / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Dynein light chain 1, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Benison, G. / Karplus, P.A. / Barbar, E. / Chiodo, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The Interplay of Ligand Binding and Quaternary Structure in the Diverse Interactions of Dynein Light Chain LC8.
著者: Benison, G. / Karplus, P.A. / Barbar, E.
履歴
登録2007年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5443
ポリマ－10,3891
非ポリマー1552
水1,964109
1
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
ヘテロ分子

A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0886
ポリマ－20,7782
非ポリマー3104
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area2500 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area9080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.972, 44.972, 202.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Dynein light chain 1, cytoplasmic / 8 kDa dynein light chain / Cut up protein


分子量: 10388.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ctp, Cdlc1, ddlc1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q24117
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Potassium tartrate 0.2M, sodium citrate 0.1M, ammonium sulfate 2.0M, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2007年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→100 Å / Num. obs: 13961 / % possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.218 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.7-1.760.36312051.50787
1.76-1.830.24812481.39990
1.83-1.910.18713021.593.4
1.91-2.020.16313551.44496.9
2.02-2.140.13314141.25899.4
2.14-2.310.114061.14699.6
2.31-2.540.09214471.209100
2.54-2.910.07514461.14999.8
2.91-3.660.04814851.05599.8
3.66-1000.0416531.17898.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å38.95 Å
Translation3.5 Å38.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→38.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.225 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1394 10 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.182 13891 96.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.315 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20.76 Å20 Å2
2--1.52 Å20 Å2
3----2.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数761 0 9 109 879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9471075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5955100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.2124.3941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.8115147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.779154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02611
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1050.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.932485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9173751
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.5392357
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.6473318
LS精密化 シェル解像度: 1.697→1.741 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 95 -
Rwork0.196 789 -
all-884 -
obs--86.33 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.782 Å / Origin y: 15.241 Å / Origin z: -7.351 Å
111213212223313233
T-0.1777 Å2-0.0047 Å20.0016 Å2--0.2599 Å2-0.0152 Å2---0.131 Å2
L2.0917 °2-0.1822 °20.6228 °2-2.5546 °20.712 °2--2.5145 °2
S-0.0689 Å °-0.1368 Å °0.1644 Å °0.2928 Å °0.012 Å °0.0095 Å °-0.1071 Å °-0.0635 Å °0.0569 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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