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- PDB-3bqj: VA387 polypeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bqj
タイトルVA387 polypeptide
要素va387 polypeptide
キーワードVIRAL PROTEIN / va387 polypeptide (residues 230-529) / two folded units p1 and p2
機能・相同性Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Mainly Beta / Va387 polypeptide
機能・相同性情報
生物種Norovirus isolates (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bu, W. / Mamedova, A. / Tan, M. / Jiang, J. / Hegde, R.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for the receptor binding specificity of Norwalk virus.
著者: Bu, W. / Mamedova, A. / Tan, M. / Xia, M. / Jiang, X. / Hegde, R.S.
履歴
登録2007年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: va387 polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2031
ポリマ－33,2031
非ポリマー00
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: va387 polypeptide

A: va387 polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4062
ポリマ－66,4062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.360, 96.800, 118.732
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 va387 polypeptide


分子量: 33203.008 Da / 分子数: 1 / 断片: p polypeptide (residues 225-529) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus isolates (ウイルス) / 生物種: Norwalk virus / 遺伝子: VP1 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D0VWS6*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS NOT AVAILABLE IN THE UNIPROT DATABASE AT THE TIME OF PROCESSING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22% peg 4k, 3% 5-diaminopentane, tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.502 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月11日 / 詳細: blue optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.502 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→99 Å / Num. obs: 11228 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.125 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.383.10.23412011.0587.9
2.38-2.483.40.23212611.11389.7
2.48-2.593.50.21412411.11189.9
2.59-2.733.70.22912251.05697.8
2.73-2.93.60.1812091.15795.6
2.9-3.123.70.12311321.16491.1
3.12-3.443.50.08410311.28992.5
3.44-3.933.40.0639411.33396.3
3.93-4.963.10.0467451.22291.8
4.96-993.80.03212420.90791.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
CNS位相決定
DENZOデータ削減
精密化解像度: 2.7→99 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 901 10.1 %
Rwork0.227 --
obs-8737 97.7 %
溶媒の処理Bsol: 40.94 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 38.662 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.719 Å20 Å20 Å2
2--6.439 Å20 Å2
3---4.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2290 0 0 102 2392
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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